More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_A0768 on replicon NC_007347
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 
167 aa  341  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  88.3 
 
 
171 aa  298  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  86.9 
 
 
161 aa  262  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  81.17 
 
 
155 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  84.78 
 
 
155 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  59.63 
 
 
171 aa  192  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  66.67 
 
 
144 aa  189  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  65.96 
 
 
144 aa  187  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  54.27 
 
 
176 aa  184  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  63.12 
 
 
145 aa  183  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  64.03 
 
 
145 aa  183  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  63.83 
 
 
145 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  63.83 
 
 
145 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 
145 aa  181  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 
145 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 
145 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 
145 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  60.99 
 
 
145 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  56.64 
 
 
187 aa  168  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  55.24 
 
 
173 aa  167  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  48.26 
 
 
181 aa  163  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  48.47 
 
 
177 aa  161  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  48.47 
 
 
177 aa  162  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  51.7 
 
 
163 aa  160  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2230  NusB antitermination factor  47.93 
 
 
186 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.965888  hitchhiker  0.00121319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  47.09 
 
 
212 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  49.4 
 
 
166 aa  155  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  50.37 
 
 
145 aa  154  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  53.57 
 
 
158 aa  151  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  49.08 
 
 
177 aa  148  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  48.53 
 
 
147 aa  143  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  48.53 
 
 
147 aa  143  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  44.65 
 
 
176 aa  141  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0493  NusB antitermination factor  51.03 
 
 
154 aa  140  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.298968  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  45.58 
 
 
159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  44.72 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  48.1 
 
 
169 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  47.48 
 
 
159 aa  138  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  45.83 
 
 
174 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  46.21 
 
 
159 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  44.52 
 
 
174 aa  138  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  43.56 
 
 
166 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  45.99 
 
 
140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  41.82 
 
 
166 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  42.95 
 
 
166 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  43.7 
 
 
140 aa  127  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  41.82 
 
 
166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  41.82 
 
 
166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  41.82 
 
 
166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  41.29 
 
 
187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  47.45 
 
 
149 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  45.38 
 
 
134 aa  124  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  40.79 
 
 
165 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  43.97 
 
 
150 aa  122  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  40.79 
 
 
165 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  43.65 
 
 
131 aa  118  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  43.8 
 
 
148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  42.86 
 
 
196 aa  117  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  47.2 
 
 
138 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  47.2 
 
 
138 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  47.2 
 
 
138 aa  117  7.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  42.31 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  42.31 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  42.31 
 
 
134 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  44.7 
 
 
139 aa  116  1.9999999999999998e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  39.26 
 
 
138 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 
134 aa  115  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 
133 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  40.62 
 
 
134 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 
134 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  41.54 
 
 
134 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 
139 aa  112  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  110  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 
138 aa  110  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  41.94 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  39.33 
 
 
161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 
159 aa  108  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 
139 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>