More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2192 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  100 
 
 		 145 aa  295  9e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  55.15 
 
 		 176 aa  167  5e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  54.81 
 
 		 161 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  53.68 
 
 		 155 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  54.48 
 
 		 155 aa  164  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  52.48 
 
 		 171 aa  164  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  55.22 
 
 		 158 aa  157  7e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  50.37 
 
 		 167 aa  154  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  51.11 
 
 		 171 aa  154  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  51.09 
 
 		 212 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  50.75 
 
 		 177 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0493  NusB antitermination factor  53.57 
 
 		 154 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.298968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  50.75 
 
 		 177 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  46.53 
 
 		 144 aa  147  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  46.53 
 
 		 144 aa  146  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  49.65 
 
 		 173 aa  145  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  47.86 
 
 		 176 aa  144  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  44.44 
 
 		 145 aa  143  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  49.26 
 
 		 187 aa  142  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  49.26 
 
 		 181 aa  143  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  48.59 
 
 		 166 aa  141  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  47.14 
 
 		 163 aa  140  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2230  NusB antitermination factor  48.89 
 
 		 186 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.965888  hitchhiker  0.00121319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  45.71 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  45.71 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  47.06 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  45.99 
 
 		 149 aa  136  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  51.43 
 
 		 174 aa  136  7.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  45.39 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  50.71 
 
 		 169 aa  135  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  52.59 
 
 		 177 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  42.65 
 
 		 147 aa  133  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  42.65 
 
 		 147 aa  133  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  44.85 
 
 		 145 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  45.59 
 
 		 145 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  47.33 
 
 		 131 aa  130  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  44.03 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  45.65 
 
 		 148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  47.79 
 
 		 174 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  43.38 
 
 		 158 aa  125  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  42.96 
 
 		 165 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  42.25 
 
 		 166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  42.96 
 
 		 165 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  43.24 
 
 		 166 aa  124  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  48.03 
 
 		 196 aa  122  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  41.55 
 
 		 166 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  42.52 
 
 		 134 aa  120  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  42.65 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  40.85 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  40.85 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  40.85 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  42.52 
 
 		 134 aa  117  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  45.97 
 
 		 156 aa  116  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  40.8 
 
 		 134 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 		 134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  42.4 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 134 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 134 aa  114  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 134 aa  114  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  39.26 
 
 		 138 aa  113  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 134 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1844  transcription antitermination protein NusB  43.9 
 
 		 157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  40.16 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  40.16 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  40.16 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  43.2 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1904  transcription antitermination protein NusB  43.9 
 
 		 157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  40.16 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  40.16 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  42.42 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  40.6 
 
 		 161 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 133 aa  112  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  41.22 
 
 		 139 aa  111  3e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  42.4 
 
 		 139 aa  111  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  43.2 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  43.2 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  43.2 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0379  NusB antitermination factor  43.54 
 
 		 178 aa  110  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.442506  normal  0.110028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  40.31 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  42.4 
 
 		 139 aa  110  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  41.6 
 
 		 139 aa  110  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  42.4 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 140 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  42.18 
 
 		 155 aa  107  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  39.04 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  39.57 
 
 		 150 aa  105  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  40.41 
 
 		 155 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  43.08 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  39.73 
 
 		 155 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>