More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2919 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 173 aa  361  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  89.47 
 
 		 187 aa  320  6e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  70.41 
 
 		 177 aa  256  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  72.56 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2230  NusB antitermination factor  73.42 
 
 		 186 aa  251  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.965888  hitchhiker  0.00121319 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  71.6 
 
 		 181 aa  246  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  70.12 
 
 		 212 aa  240  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  69.33 
 
 		 177 aa  225  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  64.47 
 
 		 176 aa  208  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  56.6 
 
 		 161 aa  179  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  58.55 
 
 		 176 aa  180  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  59.44 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  52.91 
 
 		 171 aa  176  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  58.82 
 
 		 155 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  55.24 
 
 		 167 aa  167  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  54.55 
 
 		 171 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  52.78 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  53.85 
 
 		 144 aa  155  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  53.15 
 
 		 144 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  53.85 
 
 		 163 aa  150  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  51.8 
 
 		 145 aa  147  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  51.08 
 
 		 145 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  49.65 
 
 		 145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  49.3 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 145 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  52.48 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  54.29 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  48.59 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  48.59 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  48.59 
 
 		 145 aa  141  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  50.74 
 
 		 159 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  50.74 
 
 		 159 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  53.97 
 
 		 131 aa  135  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  45.75 
 
 		 166 aa  134  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  47.89 
 
 		 166 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  45.78 
 
 		 174 aa  130  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 166 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  47.92 
 
 		 169 aa  128  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  47.55 
 
 		 165 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0493  NusB antitermination factor  47.55 
 
 		 154 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.298968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  46.85 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  46.05 
 
 		 166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  45.77 
 
 		 166 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  45.77 
 
 		 166 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  45.77 
 
 		 166 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  46.04 
 
 		 149 aa  124  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  43.15 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  45.52 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  48.53 
 
 		 148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 196 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  38.41 
 
 		 147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  38.41 
 
 		 147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  49.23 
 
 		 134 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  38.46 
 
 		 187 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  42.55 
 
 		 159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  40.69 
 
 		 155 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  41.61 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  43.38 
 
 		 138 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  48.46 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  42.96 
 
 		 140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  43.88 
 
 		 150 aa  111  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  44.93 
 
 		 161 aa  110  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2070  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 375 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  46.88 
 
 		 134 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2393  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 315 aa  108  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 		 144 aa  107  6e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  46.09 
 
 		 134 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  43.31 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  45.31 
 
 		 134 aa  104  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  41.73 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  39.04 
 
 		 155 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  41.1 
 
 		 155 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0379  NusB antitermination factor  44.34 
 
 		 178 aa  101  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.442506  normal  0.110028 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2284  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 252 aa  100  9e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0460977 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  40.74 
 
 		 139 aa  99.4  2e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  39.55 
 
 		 145 aa  99.8  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  40.8 
 
 		 138 aa  99  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  40.8 
 
 		 138 aa  99  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  40.8 
 
 		 138 aa  99  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  41.6 
 
 		 139 aa  97.8  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  40.8 
 
 		 139 aa  97.4  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 		 156 aa  97.1  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  41.6 
 
 		 138 aa  97.1  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  41.6 
 
 		 139 aa  97.1  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>