More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1191 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 134 aa  275  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  91.04 
 
 		 134 aa  260  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  89.55 
 
 		 134 aa  256  6e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  84.33 
 
 		 134 aa  245  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  84.33 
 
 		 134 aa  245  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  84.33 
 
 		 134 aa  245  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  84.33 
 
 		 134 aa  245  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  84.33 
 
 		 134 aa  245  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  81.34 
 
 		 134 aa  239  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  83.46 
 
 		 135 aa  238  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 		 134 aa  237  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 		 134 aa  237  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 		 134 aa  237  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  82.71 
 
 		 134 aa  236  5.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  79.1 
 
 		 134 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  78.2 
 
 		 133 aa  226  6e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  60.15 
 
 		 139 aa  182  1.0000000000000001e-45  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  65.12 
 
 		 139 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 		 139 aa  176  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  65.38 
 
 		 138 aa  174  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 		 139 aa  174  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00364  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.997296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00368  hypothetical protein  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.801313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0498  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 		 139 aa  174  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  68.22 
 
 		 139 aa  173  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  63.57 
 
 		 139 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  64.62 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  64.62 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  64.62 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  56.49 
 
 		 138 aa  161  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  57.25 
 
 		 140 aa  157  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  53.15 
 
 		 155 aa  154  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  53.79 
 
 		 159 aa  154  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  53.79 
 
 		 159 aa  153  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  52.45 
 
 		 155 aa  153  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  57.25 
 
 		 140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  53.91 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  51.75 
 
 		 156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  51.05 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  51.54 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  51.09 
 
 		 174 aa  146  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  50.4 
 
 		 149 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  50.39 
 
 		 158 aa  143  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  50.39 
 
 		 145 aa  140  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  51.15 
 
 		 144 aa  138  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  50.39 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  46.21 
 
 		 165 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  46.51 
 
 		 166 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  46.51 
 
 		 166 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  46.51 
 
 		 166 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  45.45 
 
 		 165 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  46.21 
 
 		 166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  45.74 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  49.17 
 
 		 131 aa  134  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  48.84 
 
 		 166 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  48.85 
 
 		 150 aa  131  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  48.06 
 
 		 171 aa  130  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  46.62 
 
 		 145 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  51.3 
 
 		 156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  45.11 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  45.38 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  45.11 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  45.97 
 
 		 187 aa  128  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  45.86 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  44.68 
 
 		 166 aa  127  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  41.67 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  46.09 
 
 		 179 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  46.09 
 
 		 138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 161 aa  124  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  43.85 
 
 		 144 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  43.85 
 
 		 144 aa  124  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  42.52 
 
 		 155 aa  124  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  45.45 
 
 		 176 aa  123  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 161 aa  123  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  44.62 
 
 		 155 aa  123  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1844  transcription antitermination protein NusB  48.67 
 
 		 157 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1904  transcription antitermination protein NusB  48.67 
 
 		 157 aa  121  3e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  44.12 
 
 		 147 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  44.12 
 
 		 147 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>