More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2025 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  100 
 
 		 149 aa  299  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  70.31 
 
 		 151 aa  184  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  68.75 
 
 		 148 aa  179  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 153 aa  140  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  47.59 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  46.9 
 
 		 160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  45.52 
 
 		 160 aa  131  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  46.21 
 
 		 160 aa  130  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  46.67 
 
 		 171 aa  130  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  43.06 
 
 		 163 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  45.52 
 
 		 169 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  44.9 
 
 		 160 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  46.15 
 
 		 155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  42.96 
 
 		 154 aa  123  7e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  43.54 
 
 		 169 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  46.15 
 
 		 154 aa  123  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  42.86 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  41.78 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  42.86 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  44.52 
 
 		 174 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  44.83 
 
 		 174 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  45.52 
 
 		 160 aa  121  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  42.18 
 
 		 168 aa  120  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  42.36 
 
 		 172 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  44.22 
 
 		 161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  39.46 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  39.46 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  41.43 
 
 		 156 aa  116  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  40.28 
 
 		 156 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 160 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  42.07 
 
 		 157 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  41.26 
 
 		 159 aa  108  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  40.14 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  40.14 
 
 		 157 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  44.44 
 
 		 167 aa  106  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  35.71 
 
 		 183 aa  105  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  38.26 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 165 aa  101  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  37.58 
 
 		 185 aa  88.2  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  36.62 
 
 		 140 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  32.14 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  32.88 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  35.21 
 
 		 187 aa  76.6  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  34.46 
 
 		 150 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  33.1 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  34.25 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  36.73 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  29.25 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  33.57 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  31.16 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  31.39 
 
 		 145 aa  74.3  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  31.29 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  32.41 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  30.61 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 134 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  34.75 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  34.93 
 
 		 166 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 166 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 166 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 166 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  32.41 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  39.53 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  26.39 
 
 		 151 aa  72  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  33.79 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  34.27 
 
 		 159 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  29.5 
 
 		 140 aa  71.6  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  43.75 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  30.15 
 
 		 138 aa  71.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  33.09 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  31.11 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  33.58 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  32.41 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  35.29 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  39.08 
 
 		 144 aa  69.7  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  30.94 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  30.94 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  33.1 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  24.82 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  30.94 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  30.94 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  30.5 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  30.94 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  24.82 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  30.22 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  32.41 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  30.56 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  30.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  28.77 
 
 		 165 aa  68.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  30.56 
 
 		 158 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  27.66 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  34.31 
 
 		 196 aa  67.4  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  31.79 
 
 		 156 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  31.51 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>