287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0755 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  100 
 
 		 155 aa  315  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  99.35 
 
 		 157 aa  314  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  93.55 
 
 		 157 aa  303  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  75.84 
 
 		 165 aa  239  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  73.83 
 
 		 160 aa  229  8.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  71.62 
 
 		 159 aa  226  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  66.67 
 
 		 166 aa  184  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  46.1 
 
 		 154 aa  130  9e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  48.55 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  46.1 
 
 		 160 aa  123  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  44.06 
 
 		 160 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 163 aa  120  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  42.67 
 
 		 168 aa  120  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  43.23 
 
 		 169 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  42.67 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  42.67 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  42.95 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  43.92 
 
 		 155 aa  118  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  44.16 
 
 		 174 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  45.14 
 
 		 167 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  44.16 
 
 		 160 aa  117  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 183 aa  116  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  44.14 
 
 		 154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  41.67 
 
 		 160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  41.96 
 
 		 160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  44.76 
 
 		 169 aa  114  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  44.37 
 
 		 156 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  42.58 
 
 		 161 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  43.71 
 
 		 156 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  41.72 
 
 		 153 aa  112  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  40.61 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  40.14 
 
 		 149 aa  107  6e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  43.45 
 
 		 185 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  42.68 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  38.51 
 
 		 197 aa  100  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  41.18 
 
 		 171 aa  99.8  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 172 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 171 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  36.84 
 
 		 171 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  34.88 
 
 		 151 aa  77  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  38.6 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  34.72 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  35.14 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  32.86 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  30 
 
 		 174 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  35.06 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  32.12 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  31.03 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  32.47 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0784  putative N utilization substance protein B  26.39 
 
 		 174 aa  63.9  0.0000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  34.35 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  34.42 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  34.01 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  30.77 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  32.05 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  32.61 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  32.61 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  31.79 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  30.07 
 
 		 179 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  30.07 
 
 		 169 aa  60.5  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  32.65 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  30.15 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  33.09 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  30.15 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  30.15 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  31.97 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  30.37 
 
 		 165 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  29.94 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  32.65 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  31.54 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  29.08 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  28.1 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  30.07 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  29.71 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  29.29 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>