237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2127 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  100 
 
 		 160 aa  329  9e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  74.21 
 
 		 165 aa  231  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  73.83 
 
 		 157 aa  230  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  73.83 
 
 		 157 aa  230  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  73.83 
 
 		 155 aa  229  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  75.68 
 
 		 159 aa  227  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  65.96 
 
 		 166 aa  180  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  45.34 
 
 		 169 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  44.3 
 
 		 163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  44.16 
 
 		 174 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  44.94 
 
 		 169 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  42.68 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  45.21 
 
 		 155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  41.51 
 
 		 160 aa  124  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 183 aa  124  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  45.64 
 
 		 160 aa  124  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  44.1 
 
 		 160 aa  124  8.000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  42.67 
 
 		 154 aa  122  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 169 aa  121  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  41.18 
 
 		 168 aa  120  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  41.88 
 
 		 171 aa  120  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  41.88 
 
 		 171 aa  120  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  43.67 
 
 		 174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  44.3 
 
 		 161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  42.28 
 
 		 153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  42.55 
 
 		 154 aa  117  6e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  39.38 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  44.22 
 
 		 156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  43.54 
 
 		 156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  38.99 
 
 		 160 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  42.76 
 
 		 165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  43.06 
 
 		 167 aa  110  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  37.18 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  39.73 
 
 		 197 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  37.18 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  38 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  41.91 
 
 		 171 aa  100  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  38.37 
 
 		 185 aa  99  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 148 aa  80.5  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  34.88 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 159 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  30.34 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0784  putative N utilization substance protein B  26.39 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  30.38 
 
 		 161 aa  62  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0239  N utilization substance protein B, putative  28.26 
 
 		 160 aa  61.6  0.000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  30.56 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  30.56 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  30.56 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  31.62 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  31.68 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  28.86 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  30.13 
 
 		 158 aa  60.5  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  28.86 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  34.46 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  32.72 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  32.72 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  32.72 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  30.22 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  30.43 
 
 		 150 aa  58.2  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  30.63 
 
 		 166 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3255  NusB antitermination factor  28.15 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.489842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  34.06 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  25.15 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  33.08 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  30.28 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  30.87 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  30.56 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  27.33 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  30.87 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  32.14 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  34.04 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  31.33 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  29.73 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  29.79 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  28.37 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  34.38 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  27.39 
 
 		 159 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  29.08 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  28.68 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  30.3 
 
 		 161 aa  53.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0291  hypothetical protein  28.32 
 
 		 148 aa  53.1  0.000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  28.89 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  32.29 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  31.25 
 
 		 134 aa  52.4  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  29.58 
 
 		 134 aa  51.6  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  32.45 
 
 		 155 aa  51.2  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  37.04 
 
 		 145 aa  51.2  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>