More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3009 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 174 aa  350  5e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  85.63 
 
 		 169 aa  303  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  82.76 
 
 		 174 aa  288  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  78.16 
 
 		 169 aa  277  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  82.24 
 
 		 160 aa  263  8e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  81.7 
 
 		 161 aa  262  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  72.51 
 
 		 169 aa  253  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  65.33 
 
 		 154 aa  204  4e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  63.09 
 
 		 155 aa  199  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  55.97 
 
 		 197 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  59.31 
 
 		 160 aa  183  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  54.97 
 
 		 163 aa  183  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  57.43 
 
 		 172 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  56.86 
 
 		 171 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  56.86 
 
 		 171 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  56.77 
 
 		 171 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  56.77 
 
 		 171 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  57.52 
 
 		 168 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  58.67 
 
 		 156 aa  180  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  58.11 
 
 		 156 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  53.29 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  52.26 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  53.29 
 
 		 160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  55.94 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  56.76 
 
 		 167 aa  163  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  51.09 
 
 		 171 aa  136  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  47.83 
 
 		 160 aa  130  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  44.83 
 
 		 149 aa  121  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  45.45 
 
 		 153 aa  121  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  43.67 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  41.21 
 
 		 157 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  40.61 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  42.24 
 
 		 165 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  40.61 
 
 		 157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  40.99 
 
 		 165 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  38.22 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  46.56 
 
 		 151 aa  107  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  42.19 
 
 		 148 aa  106  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  41.25 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  39.63 
 
 		 185 aa  101  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 159 aa  97.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 159 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  43.66 
 
 		 166 aa  94.7  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  36.67 
 
 		 158 aa  94.4  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  33.14 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  37.41 
 
 		 131 aa  87.4  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  35.67 
 
 		 159 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 187 aa  84.7  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  34.01 
 
 		 148 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  31.82 
 
 		 149 aa  80.9  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  34.16 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  34.69 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  34.97 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  32.39 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  33.33 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  34.27 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  33.79 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  32.87 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  32.87 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  32.87 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  32.87 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  32.87 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  33.57 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  33.57 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  33.57 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  30.06 
 
 		 161 aa  73.9  0.0000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  34.21 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  31.69 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  37.93 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  35.06 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 166 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  33.53 
 
 		 159 aa  70.5  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  34.59 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 156 aa  70.5  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  31.88 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  31.13 
 
 		 155 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  28.47 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  32.89 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  34.59 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1713  transcription antitermination protein NusB  28.26 
 
 		 144 aa  69.3  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  32.7 
 
 		 173 aa  69.7  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  34.75 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  34.31 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  29.58 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  31.13 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>