More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2914 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  100 
 
 		 171 aa  347  6e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  51.57 
 
 		 160 aa  153  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  55.63 
 
 		 169 aa  152  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  55.32 
 
 		 169 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  56.74 
 
 		 160 aa  151  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  54.23 
 
 		 174 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  55.63 
 
 		 169 aa  148  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  52.63 
 
 		 160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  52.11 
 
 		 174 aa  143  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  51.43 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  51.43 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  52.29 
 
 		 163 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  53.15 
 
 		 161 aa  140  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  50.34 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  50.34 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  48.15 
 
 		 171 aa  138  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  48.15 
 
 		 171 aa  138  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  52.45 
 
 		 168 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  47.18 
 
 		 149 aa  138  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  52.11 
 
 		 154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  48.28 
 
 		 172 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  48.68 
 
 		 153 aa  133  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  46.58 
 
 		 156 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  45.77 
 
 		 197 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  46.58 
 
 		 156 aa  130  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  46.98 
 
 		 154 aa  125  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  50.38 
 
 		 160 aa  124  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  46.48 
 
 		 155 aa  120  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  45.24 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  42.11 
 
 		 183 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  46.88 
 
 		 148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  44.06 
 
 		 159 aa  110  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  43.36 
 
 		 160 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  43.75 
 
 		 151 aa  108  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 157 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 155 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  41.13 
 
 		 157 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  39.22 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  42.55 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  41.94 
 
 		 185 aa  98.2  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  42.25 
 
 		 159 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  42.25 
 
 		 159 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  37.27 
 
 		 159 aa  92  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  40.58 
 
 		 166 aa  92.4  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  39.31 
 
 		 158 aa  90.5  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  34.29 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  37.32 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  38.35 
 
 		 131 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  37.24 
 
 		 140 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  34.87 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  34.21 
 
 		 155 aa  77.8  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  36.31 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  36.88 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  36.69 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  35.71 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  35.06 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  31.95 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  31.45 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 140 aa  75.5  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  33.1 
 
 		 145 aa  75.1  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  34.75 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  32.41 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  38.03 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 187 aa  73.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  32.86 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 166 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  31.85 
 
 		 151 aa  73.9  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  31.43 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  37.84 
 
 		 156 aa  72.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 166 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  36.09 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  36.96 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 155 aa  72  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  32.12 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  31.39 
 
 		 145 aa  70.9  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  32.32 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  33.12 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 134 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 130 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.03 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  34.81 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  32.86 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  29.66 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>