272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2249 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  100 
 
 		 159 aa  323  5e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  75 
 
 		 157 aa  234  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  75.68 
 
 		 160 aa  227  5e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  71.62 
 
 		 157 aa  227  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  71.62 
 
 		 155 aa  226  7e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  74.32 
 
 		 165 aa  221  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  67.38 
 
 		 166 aa  185  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  49.28 
 
 		 160 aa  129  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  44.52 
 
 		 183 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  46.67 
 
 		 163 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  45.22 
 
 		 165 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  44.03 
 
 		 169 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  43.75 
 
 		 174 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  43.12 
 
 		 160 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  39.74 
 
 		 160 aa  111  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  44 
 
 		 169 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  44.22 
 
 		 169 aa  110  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  41.06 
 
 		 155 aa  110  8.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  43.07 
 
 		 168 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  40.38 
 
 		 160 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  40.97 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  41.18 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  42.28 
 
 		 171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  42.28 
 
 		 171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  41.26 
 
 		 149 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  41.1 
 
 		 153 aa  107  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  42.55 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  42 
 
 		 161 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  41.25 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  40.43 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  41.84 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  43.38 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  40.41 
 
 		 154 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  41.13 
 
 		 167 aa  97.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  40.14 
 
 		 197 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  40 
 
 		 185 aa  94  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  37.33 
 
 		 171 aa  94  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  37.33 
 
 		 171 aa  94  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  37.09 
 
 		 172 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  38.89 
 
 		 151 aa  83.6  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  38.46 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  32.64 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  32.88 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  32.39 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  33.56 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  33.56 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  33.56 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  30.28 
 
 		 143 aa  60.1  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  31.51 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  33.56 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  31.43 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  34.78 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  34.07 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  31.85 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  33.83 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  31.29 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  34.84 
 
 		 166 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  29.58 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  28.76 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  36.6 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 134 aa  57  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  29.58 
 
 		 143 aa  57  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  30.56 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  35.53 
 
 		 165 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 165 aa  57  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  32.17 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  33.56 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  33.56 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  29.37 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  29.37 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  33.68 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  29.93 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0784  putative N utilization substance protein B  23.45 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  33.57 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  29.93 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  31.88 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  30.94 
 
 		 158 aa  53.9  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0239  N utilization substance protein B, putative  25.18 
 
 		 160 aa  53.9  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  30.2 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0058  N utilization substance protein B (nusB), putative  26.95 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  31.16 
 
 		 137 aa  53.1  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf181  transcription termination factor  41.79 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.227846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  34.07 
 
 		 136 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  34.48 
 
 		 168 aa  52.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  34.18 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0880  putative N utilization substance protein B  40 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.150088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  32.3 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  35.56 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  30.94 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  27.59 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>