More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1622 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  100 
 
 		 164 aa  332  1e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  60.53 
 
 		 154 aa  197  6e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  57.14 
 
 		 153 aa  189  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  59.24 
 
 		 165 aa  187  4e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  51.01 
 
 		 147 aa  148  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  42.21 
 
 		 154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  41.55 
 
 		 147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  38.78 
 
 		 145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  42.65 
 
 		 143 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  40.54 
 
 		 145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  38.1 
 
 		 145 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 151 aa  107  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  40.97 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  41.79 
 
 		 142 aa  103  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  41.43 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  37.59 
 
 		 148 aa  101  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  40.28 
 
 		 138 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  39.1 
 
 		 156 aa  95.1  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  35.86 
 
 		 139 aa  94.4  6e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  34.53 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  35.81 
 
 		 143 aa  92.8  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  34.46 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  42.25 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  35.14 
 
 		 143 aa  91.7  4e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  31.39 
 
 		 134 aa  91.3  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  41.3 
 
 		 142 aa  90.5  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  41.3 
 
 		 142 aa  90.5  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  41.3 
 
 		 142 aa  90.5  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 155 aa  90.1  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  34.23 
 
 		 140 aa  87.8  5e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  33.09 
 
 		 151 aa  88.2  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  33.57 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  35.85 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  30.94 
 
 		 145 aa  87  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  38.19 
 
 		 150 aa  85.5  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 159 aa  85.1  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 159 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 168 aa  84.7  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  33.77 
 
 		 165 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 132 aa  84.3  6e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  34 
 
 		 166 aa  84.3  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  34.04 
 
 		 132 aa  84  8e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 141 aa  83.6  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  33.12 
 
 		 165 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  38.46 
 
 		 135 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  35.56 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  33.68 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  32.87 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  30.92 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  36.49 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  31.21 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  36.73 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  39.31 
 
 		 134 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  37.25 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  30.67 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  41.46 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  38.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  38.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  38.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  38.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  32.62 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  38.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  30.94 
 
 		 156 aa  80.9  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  37.19 
 
 		 139 aa  80.5  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  36 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  40.24 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  41.46 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  39.05 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  36.81 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  36.81 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  35.66 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  35.06 
 
 		 165 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  36.81 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  35.59 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  35.42 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  37.89 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  33.1 
 
 		 165 aa  79  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  31.08 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  35.46 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  34.25 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  38.95 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  34.01 
 
 		 133 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  31.94 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  35.14 
 
 		 155 aa  77.4  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  33.58 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  35.81 
 
 		 155 aa  77.4  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  40.62 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  34 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  31.25 
 
 		 130 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  36.23 
 
 		 134 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>