More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0459 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  100 
 
 		 168 aa  344  4e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  71.86 
 
 		 168 aa  253  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  74.51 
 
 		 163 aa  241  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  69.51 
 
 		 165 aa  241  5e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  73.2 
 
 		 171 aa  234  3e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  69.57 
 
 		 164 aa  229  1e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  69.93 
 
 		 169 aa  223  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  48.45 
 
 		 165 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  42.03 
 
 		 145 aa  104  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  40.88 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 145 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  42.75 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  42.03 
 
 		 145 aa  103  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  40.94 
 
 		 388 aa  101  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6330  NusB antitermination factor  47.62 
 
 		 378 aa  99.4  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.847383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  43.17 
 
 		 138 aa  95.5  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 		 135 aa  95.5  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  41.61 
 
 		 138 aa  95.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  38.06 
 
 		 135 aa  95.1  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  40 
 
 		 148 aa  94.7  5e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 130 aa  94.7  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  35.21 
 
 		 154 aa  94.4  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  36.05 
 
 		 151 aa  93.2  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  35.51 
 
 		 143 aa  92.8  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  92.8  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  39.85 
 
 		 133 aa  92.8  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2447  antitermination factor  55 
 
 		 389 aa  92.4  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351781  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  38.57 
 
 		 147 aa  93.2  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  41.54 
 
 		 142 aa  91.3  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12923  putative N utilization substance protein  43.48 
 
 		 302 aa  91.7  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  31.21 
 
 		 195 aa  91.3  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  90.5  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  90.5  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  36.96 
 
 		 130 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  33.57 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1966  N utilization substance protein B  38.71 
 
 		 302 aa  89.4  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0692003  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  35.29 
 
 		 143 aa  89.4  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  34.75 
 
 		 143 aa  88.6  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  38.93 
 
 		 143 aa  89  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  35.88 
 
 		 140 aa  88.6  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  37.14 
 
 		 146 aa  88.2  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2202  transcription termination factor-like protein  45.69 
 
 		 303 aa  87.8  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  34.85 
 
 		 143 aa  87.8  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1401  NusB/RsmB/TIM44  39.17 
 
 		 316 aa  87.4  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979954 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  33.12 
 
 		 144 aa  87  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  38.97 
 
 		 130 aa  87  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.23 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  34.29 
 
 		 144 aa  86.3  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  36.3 
 
 		 154 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.23 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  36.11 
 
 		 135 aa  86.3  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  36.23 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  36.22 
 
 		 153 aa  85.5  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6247  NusB antitermination factor  40.78 
 
 		 309 aa  85.5  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 141 aa  85.1  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  37.59 
 
 		 142 aa  85.1  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 164 aa  84.7  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  38.46 
 
 		 154 aa  83.6  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  36.84 
 
 		 142 aa  83.6  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  36.3 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  32.61 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0422  hypothetical protein  41.57 
 
 		 378 aa  82.4  0.000000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  38.28 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  36.09 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  35 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  34.78 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  36.62 
 
 		 143 aa  81.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 145 aa  80.5  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  32.12 
 
 		 165 aa  80.5  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  46.99 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  34.13 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  44.3 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  44.3 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 139 aa  79.7  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  33.8 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  44.3 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  31.3 
 
 		 165 aa  79.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0807  NusB family protein  36.57 
 
 		 364 aa  79  0.00000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  33.07 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  46.99 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  30.43 
 
 		 165 aa  77.8  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  30.47 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  33.79 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  34.11 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 134 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  30.37 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>