More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3091 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  100 
 
 		 165 aa  337  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  61.35 
 
 		 153 aa  207  4e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  60.12 
 
 		 154 aa  204  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  59.24 
 
 		 164 aa  187  4e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  44.97 
 
 		 147 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  41.89 
 
 		 154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  41.26 
 
 		 138 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  41.45 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  35.37 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  35.29 
 
 		 143 aa  103  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  37.41 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  37.41 
 
 		 145 aa  101  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  37.58 
 
 		 153 aa  99  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  34.48 
 
 		 145 aa  99  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  39.23 
 
 		 145 aa  99  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  37.33 
 
 		 138 aa  97.8  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  37.33 
 
 		 156 aa  96.3  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  41.94 
 
 		 139 aa  96.3  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  34.51 
 
 		 142 aa  95.5  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  33.33 
 
 		 134 aa  95.1  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  32 
 
 		 151 aa  94  7e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  38.66 
 
 		 147 aa  92.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  39.04 
 
 		 143 aa  90.9  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  36.73 
 
 		 148 aa  90.5  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  46.59 
 
 		 190 aa  89.4  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 155 aa  89.4  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  31.97 
 
 		 143 aa  89  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  31.29 
 
 		 143 aa  88.2  5e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  46.07 
 
 		 142 aa  88.2  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  46.07 
 
 		 142 aa  88.2  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  46.07 
 
 		 142 aa  88.2  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  36.84 
 
 		 195 aa  87.8  5e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  37.32 
 
 		 150 aa  87.4  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  31.29 
 
 		 143 aa  87.4  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  34 
 
 		 134 aa  85.5  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1185  transcription antitermination protein NusB  35.14 
 
 		 138 aa  85.5  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0066267  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  42.17 
 
 		 135 aa  85.5  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  29.73 
 
 		 145 aa  85.5  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  85.1  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  85.1  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  34.51 
 
 		 130 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  35.9 
 
 		 162 aa  85.1  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  42.22 
 
 		 140 aa  85.1  4e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  42.17 
 
 		 135 aa  84.7  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 130 aa  84.3  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  31.03 
 
 		 156 aa  84.7  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  32.89 
 
 		 154 aa  84  8e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  35.92 
 
 		 132 aa  83.6  0.000000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  43.01 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0919  transcription antitermination factor NusB  42.35 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  32.19 
 
 		 137 aa  82.8  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  32.45 
 
 		 153 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  42.53 
 
 		 153 aa  82.4  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  43.9 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  40.94 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  33.1 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  40.15 
 
 		 139 aa  81.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  33.1 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 130 aa  81.3  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  45.12 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  39.39 
 
 		 139 aa  80.9  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  34.95 
 
 		 132 aa  80.5  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  33.98 
 
 		 132 aa  80.5  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  49.3 
 
 		 132 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  42.68 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  32.56 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  37.58 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  40.43 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  38.64 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  40.43 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  43.02 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  41.12 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  40.43 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  40.38 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  34.16 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  41.38 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  43.9 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  33.55 
 
 		 155 aa  79  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  36.27 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  37.4 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  31.06 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  42.16 
 
 		 164 aa  79  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  35.81 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0751  NusB antitermination factor  38.89 
 
 		 146 aa  78.6  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000652564  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  39.18 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 155 aa  78.6  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  39.25 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0107  transcription antitermination protein NusB  32.19 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  46.07 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  34.46 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>