More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3205 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  100 
 
 		 135 aa  264  4e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  70.54 
 
 		 135 aa  158  3e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  56.25 
 
 		 142 aa  122  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  56.76 
 
 		 144 aa  121  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  58.42 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  57.69 
 
 		 136 aa  121  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  55.17 
 
 		 145 aa  121  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  53.57 
 
 		 135 aa  119  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0880  NusB antitermination factor  53.98 
 
 		 137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  54.29 
 
 		 136 aa  116  9e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  53.15 
 
 		 136 aa  116  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  54.13 
 
 		 153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  58.25 
 
 		 153 aa  115  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  52.25 
 
 		 136 aa  115  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  54.55 
 
 		 138 aa  114  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  59.38 
 
 		 138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  58.51 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  51.52 
 
 		 135 aa  110  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  56.36 
 
 		 138 aa  110  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  52.21 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  55.66 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  50 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  50.5 
 
 		 190 aa  104  4e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  50 
 
 		 138 aa  103  8e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0919  transcription antitermination factor NusB  49.54 
 
 		 160 aa  102  1e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  53.77 
 
 		 136 aa  101  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  50.93 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  50.93 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  50.93 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  51.61 
 
 		 137 aa  99.4  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  55.56 
 
 		 165 aa  98.6  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  51.02 
 
 		 164 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  53.19 
 
 		 163 aa  97.1  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  52.44 
 
 		 145 aa  97.1  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  51.22 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  51.69 
 
 		 144 aa  92.4  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  46.79 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  47.13 
 
 		 148 aa  91.3  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  51.22 
 
 		 145 aa  91.3  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  45.36 
 
 		 143 aa  90.9  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  50 
 
 		 138 aa  90.5  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  48.11 
 
 		 153 aa  90.1  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  44.34 
 
 		 145 aa  90.1  9e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  48.84 
 
 		 142 aa  90.1  9e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  41.82 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3146  NusB antitermination factor  50.98 
 
 		 147 aa  89.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121302 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  37.93 
 
 		 165 aa  89.7  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  46.67 
 
 		 145 aa  89.4  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  48.04 
 
 		 195 aa  89  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  41.75 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  45.28 
 
 		 138 aa  87.8  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  48.28 
 
 		 138 aa  87  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  36.11 
 
 		 168 aa  86.3  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  45.79 
 
 		 166 aa  86.3  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  48.91 
 
 		 155 aa  86.7  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  38.32 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0470  NusB antitermination factor  41.51 
 
 		 167 aa  85.1  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  39.6 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  44.94 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  40.62 
 
 		 139 aa  84.3  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  43.18 
 
 		 154 aa  84.3  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  45.24 
 
 		 147 aa  84.3  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  39.39 
 
 		 143 aa  84  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  39.45 
 
 		 143 aa  84  7e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  41.24 
 
 		 143 aa  83.6  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  48.28 
 
 		 134 aa  83.6  8e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  41.58 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  42.86 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  50 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  36.67 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  43.9 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  43.9 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5041  transcription antitermination protein NusB  43.62 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.264759 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  44.68 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  46.88 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  43.82 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0276  transcription antitermination protein NusB  42.45 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  44.23 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  44.23 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  44.23 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  41.9 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  47.62 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  51.16 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  38.53 
 
 		 144 aa  80.1  0.000000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  33.94 
 
 		 171 aa  80.1  0.000000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  45.19 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  34.86 
 
 		 169 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  51.22 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  45.65 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  35.19 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  35.96 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  32.79 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  42.39 
 
 		 132 aa  77.8  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  41.86 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  41.49 
 
 		 153 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  46.32 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  40.62 
 
 		 164 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  48.78 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  37.25 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>