More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1328 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  100 
 
 		 138 aa  272  1.0000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  65.44 
 
 		 138 aa  191  4e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  66.18 
 
 		 138 aa  189  8e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  63.24 
 
 		 138 aa  186  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  59.56 
 
 		 136 aa  165  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  57.35 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  58.09 
 
 		 139 aa  155  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  58.96 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  57.14 
 
 		 153 aa  153  9e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  53.68 
 
 		 137 aa  151  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  54.01 
 
 		 135 aa  146  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  53.38 
 
 		 190 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  57.81 
 
 		 136 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  55.88 
 
 		 144 aa  144  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  58.02 
 
 		 135 aa  144  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  57.45 
 
 		 138 aa  142  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  51.09 
 
 		 162 aa  139  9e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  51.09 
 
 		 162 aa  139  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  51.09 
 
 		 162 aa  139  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  54.41 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  53.24 
 
 		 136 aa  137  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  49.28 
 
 		 163 aa  136  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0919  transcription antitermination factor NusB  49.25 
 
 		 160 aa  135  2e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 164 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  51.45 
 
 		 156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  50.71 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  55.12 
 
 		 153 aa  134  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  48.23 
 
 		 144 aa  133  9e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  52.24 
 
 		 136 aa  128  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  51.94 
 
 		 145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  51.49 
 
 		 136 aa  123  7e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0880  NusB antitermination factor  52.38 
 
 		 137 aa  120  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  44.93 
 
 		 165 aa  118  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2334  transcription antitermination factor NusB  46.76 
 
 		 163 aa  114  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.225002  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14710  transcription antitermination factor NusB  47.1 
 
 		 178 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.655877  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  47.29 
 
 		 162 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3146  NusB antitermination factor  45.59 
 
 		 147 aa  107  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121302 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  52.21 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  47.29 
 
 		 195 aa  104  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  38.17 
 
 		 145 aa  103  8e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  53.47 
 
 		 135 aa  102  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  39.71 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  40.44 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  42.06 
 
 		 140 aa  99.8  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  40.16 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  39.53 
 
 		 155 aa  99.4  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  43.26 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  38.28 
 
 		 138 aa  97.1  8e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  34.38 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  39.06 
 
 		 153 aa  96.7  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  48.84 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  37.69 
 
 		 143 aa  95.9  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  35.56 
 
 		 148 aa  93.2  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  36.76 
 
 		 151 aa  92.8  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0470  NusB antitermination factor  40.46 
 
 		 167 aa  92.4  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0283  NusB antitermination factor  37.4 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.102265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 142 aa  90.5  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 140 aa  90.5  7e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  33.86 
 
 		 145 aa  90.5  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  33.8 
 
 		 145 aa  90.5  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  31.82 
 
 		 156 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  34.92 
 
 		 136 aa  88.6  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  39.69 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  34.35 
 
 		 143 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  40.48 
 
 		 130 aa  87  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  39.84 
 
 		 183 aa  86.7  9e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  37.4 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  33.59 
 
 		 143 aa  84.7  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  34.09 
 
 		 141 aa  84.3  5e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  36.88 
 
 		 156 aa  84  7e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  31.39 
 
 		 132 aa  84  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  31.39 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  34.92 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  32.03 
 
 		 143 aa  83.6  9e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  33.83 
 
 		 154 aa  83.6  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  39.42 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  32.81 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1576  transcription antitermination protein NusB  30.66 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  37.98 
 
 		 166 aa  82  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  40.91 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  40.15 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  40.15 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  40.15 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0985  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3255  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.489842  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  34.06 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  34.35 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0750  transcription termination factor  31.45 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.906803  hitchhiker  0.00118755 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0030  transcription antitermination protein NusB  32.33 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  43.9 
 
 		 154 aa  77  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  32.81 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>