More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3020 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  100 
 
 		 145 aa  295  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  98.62 
 
 		 145 aa  291  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  71.72 
 
 		 145 aa  222  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  57.64 
 
 		 138 aa  166  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  54.86 
 
 		 138 aa  154  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  50.34 
 
 		 143 aa  140  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  46.9 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  43.8 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  40 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  47.14 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  47.14 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  47.14 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  43.28 
 
 		 143 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  42.76 
 
 		 156 aa  111  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  41.38 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  37.93 
 
 		 154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  38.78 
 
 		 164 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  41.04 
 
 		 138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  36.62 
 
 		 143 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  44.12 
 
 		 143 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  36.62 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  36.62 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  38.1 
 
 		 154 aa  103  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  38.3 
 
 		 147 aa  103  7e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  42.03 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  37.58 
 
 		 165 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  41.3 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  41.3 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  38.57 
 
 		 155 aa  100  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  41.3 
 
 		 130 aa  101  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  37.41 
 
 		 165 aa  101  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  42.96 
 
 		 162 aa  100  7e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.4  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  39.26 
 
 		 156 aa  99.4  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  99.8  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  40.58 
 
 		 130 aa  97.8  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  41.96 
 
 		 195 aa  98.2  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  38.41 
 
 		 145 aa  97.8  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  37.59 
 
 		 153 aa  96.3  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  39.26 
 
 		 183 aa  96.7  1e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0698  NusB antitermination factor  33.81 
 
 		 169 aa  96.3  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0669968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  37.93 
 
 		 142 aa  95.9  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  40.58 
 
 		 150 aa  96.3  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  42.34 
 
 		 163 aa  95.9  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  40 
 
 		 168 aa  95.9  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  38.97 
 
 		 146 aa  94.7  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  37.24 
 
 		 142 aa  94.4  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  43.26 
 
 		 165 aa  94.4  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  35.21 
 
 		 153 aa  94.4  5e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  41.43 
 
 		 169 aa  94  6e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  40.15 
 
 		 145 aa  93.6  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  34.29 
 
 		 139 aa  94  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  40.58 
 
 		 163 aa  92.8  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  34.48 
 
 		 141 aa  92.4  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  36.57 
 
 		 154 aa  92.4  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  36.17 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  37.68 
 
 		 140 aa  92  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  39.42 
 
 		 136 aa  91.3  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  51.22 
 
 		 135 aa  91.3  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  37.23 
 
 		 165 aa  91.3  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  35.42 
 
 		 166 aa  90.9  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  39.13 
 
 		 171 aa  90.9  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  39.57 
 
 		 164 aa  90.5  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  37.96 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 140 aa  90.1  9e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  36.6 
 
 		 155 aa  90.1  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  37.75 
 
 		 155 aa  89.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  37.04 
 
 		 134 aa  89.4  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  33.79 
 
 		 141 aa  89.4  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  36.69 
 
 		 144 aa  89.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0751  NusB antitermination factor  38.26 
 
 		 146 aa  88.6  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000652564  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  37.04 
 
 		 132 aa  87.8  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  33.79 
 
 		 133 aa  85.9  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  35.92 
 
 		 136 aa  85.5  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  35.92 
 
 		 136 aa  85.1  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  32.21 
 
 		 155 aa  84.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  46.34 
 
 		 135 aa  84.7  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  39.55 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  39.55 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  39.55 
 
 		 138 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  35.04 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  34.78 
 
 		 139 aa  84.3  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  35.56 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  34.78 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  32.61 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  34.06 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  40.91 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2372  NusB antitermination factor  31.58 
 
 		 152 aa  80.9  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0107  transcription antitermination protein NusB  39.1 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  35.21 
 
 		 165 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  80.5  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>