More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2438 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  100 
 
 		 154 aa  318  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  66.67 
 
 		 153 aa  218  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  60.12 
 
 		 165 aa  204  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  60.53 
 
 		 164 aa  197  5e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  57.64 
 
 		 147 aa  166  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  46.67 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  42.14 
 
 		 145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 138 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  40.71 
 
 		 143 aa  107  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  38.1 
 
 		 145 aa  103  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  40.88 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  37.41 
 
 		 145 aa  101  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  38.57 
 
 		 154 aa  101  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  40.58 
 
 		 151 aa  100  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  39.72 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  38.69 
 
 		 147 aa  100  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  39.16 
 
 		 153 aa  100  9e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  36.88 
 
 		 148 aa  97.4  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  35.56 
 
 		 145 aa  96.7  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  40.31 
 
 		 130 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  40.31 
 
 		 130 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  37.23 
 
 		 155 aa  94.7  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 139 aa  94  7e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  36.23 
 
 		 143 aa  94  7e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  35.38 
 
 		 142 aa  93.6  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  35.51 
 
 		 143 aa  93.2  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  35.51 
 
 		 143 aa  92.4  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.76 
 
 		 130 aa  92.8  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  36.09 
 
 		 138 aa  92.4  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  35.07 
 
 		 134 aa  91.3  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  35.77 
 
 		 153 aa  91.3  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  38.64 
 
 		 139 aa  90.5  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 139 aa  90.1  9e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 165 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  34.72 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  37.88 
 
 		 135 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  36.36 
 
 		 165 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  38.64 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  35.71 
 
 		 168 aa  88.2  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  31.13 
 
 		 151 aa  88.6  3e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  37.98 
 
 		 130 aa  88.2  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.69 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.69 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  36.69 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  36.09 
 
 		 150 aa  87.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  37.84 
 
 		 195 aa  87  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  36.03 
 
 		 134 aa  87  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00364  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.997296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  33.09 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1185  transcription antitermination protein NusB  40.46 
 
 		 138 aa  86.3  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0066267  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  36.81 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  31.11 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0498  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 135 aa  86.3  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00368  hypothetical protein  39.53 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.801313  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  33.85 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  36.3 
 
 		 168 aa  86.3  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1583  transcription antitermination protein NusB  37.04 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00456723  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  36.76 
 
 		 143 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 135 aa  85.9  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1616  transcription antitermination protein NusB  37.04 
 
 		 129 aa  85.9  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000103725  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 139 aa  85.9  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  32.61 
 
 		 141 aa  85.9  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1085  transcription antitermination protein NusB  38.17 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.770091  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  38.35 
 
 		 134 aa  85.1  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  38.76 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  32.35 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  36.36 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  40.87 
 
 		 144 aa  84.3  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  38.64 
 
 		 139 aa  84.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  35.66 
 
 		 140 aa  84  7e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 138 aa  84  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  37.3 
 
 		 138 aa  84  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>