More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2075 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  100 
 
 
154 aa  319  8e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  42.34 
 
 
151 aa  121  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  43.08 
 
 
148 aa  114  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  37.93 
 
 
145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  37.93 
 
 
145 aa  111  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  44.78 
 
 
142 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  40.44 
 
 
138 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  44.78 
 
 
142 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  44.78 
 
 
142 aa  107  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  40.69 
 
 
145 aa  106  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  41.61 
 
 
134 aa  105  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  39.55 
 
 
155 aa  104  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  43.85 
 
 
143 aa  103  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  40.91 
 
 
142 aa  102  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  37.24 
 
 
150 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  38.17 
 
 
169 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  37.31 
 
 
138 aa  102  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  34.64 
 
 
154 aa  101  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  34.53 
 
 
139 aa  101  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  38.57 
 
 
154 aa  101  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  36.96 
 
 
143 aa  100  8e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  38.52 
 
 
163 aa  100  8e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  37.5 
 
 
156 aa  100  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.24 
 
 
138 aa  99.8  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  38.76 
 
 
143 aa  100  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  36.5 
 
 
143 aa  99  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  37.23 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  35.77 
 
 
143 aa  98.6  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  36.3 
 
 
171 aa  98.2  4e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  38.73 
 
 
143 aa  97.8  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  35.11 
 
 
145 aa  97.4  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  40.29 
 
 
145 aa  97.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  38.24 
 
 
146 aa  96.7  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  38.85 
 
 
195 aa  95.9  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  48.28 
 
 
142 aa  95.9  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  35.77 
 
 
145 aa  94.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  36.3 
 
 
164 aa  94.7  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  35.21 
 
 
168 aa  94.4  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  37.5 
 
 
136 aa  94  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  32.39 
 
 
145 aa  94.4  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  47.13 
 
 
142 aa  94  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  37.04 
 
 
138 aa  93.6  8e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 
141 aa  93.2  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  32.85 
 
 
168 aa  93.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  34.93 
 
 
162 aa  92.4  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  36.76 
 
 
136 aa  92.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  36.76 
 
 
140 aa  92.4  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  35.61 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  35.07 
 
 
135 aa  91.7  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  35.07 
 
 
135 aa  91.7  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  37.68 
 
 
165 aa  91.3  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  35.97 
 
 
145 aa  91.7  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  38.46 
 
 
153 aa  91.3  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  35.66 
 
 
130 aa  91.3  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 
163 aa  91.3  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  36.3 
 
 
136 aa  90.9  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  33.85 
 
 
135 aa  90.9  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  35.97 
 
 
135 aa  90.5  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  34.97 
 
 
153 aa  89.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  30.15 
 
 
147 aa  89.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  31.01 
 
 
162 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  31.01 
 
 
162 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  31.01 
 
 
162 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  34.9 
 
 
139 aa  87.8  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  32.17 
 
 
141 aa  87.8  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.84 
 
 
130 aa  87.4  6e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  34.06 
 
 
137 aa  87.4  7e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  34.35 
 
 
133 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  34.09 
 
 
164 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  35.92 
 
 
144 aa  85.5  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  49.38 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  33.33 
 
 
138 aa  85.1  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  33.59 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  33.59 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  33.59 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  33.59 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  33.59 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  33.85 
 
 
166 aa  84.7  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  32.89 
 
 
165 aa  84  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  35.07 
 
 
136 aa  84.3  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  36.09 
 
 
130 aa  84  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  28.85 
 
 
156 aa  83.6  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  33.83 
 
 
138 aa  83.6  9e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  32.45 
 
 
183 aa  83.6  9e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  34.59 
 
 
138 aa  83.6  9e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  31.72 
 
 
145 aa  83.6  9e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  32.37 
 
 
147 aa  83.2  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  41.58 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  32.37 
 
 
149 aa  82.4  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0751  NusB antitermination factor  35.61 
 
 
146 aa  82.8  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000652564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>