More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1850 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1850  transcription antitermination factor NusB  100 
 
 		 136 aa  266  8e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.975567 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1843  NusB antitermination factor  94.12 
 
 		 136 aa  254  3e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.23427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1304  NusB antitermination factor  58.46 
 
 		 145 aa  147  4e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.592114  normal  0.0232631 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17920  NusB antitermination factor  58.21 
 
 		 138 aa  144  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.552235  normal  0.618471 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2394  NusB antitermination factor  57.46 
 
 		 145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3147  NusB antitermination factor  58.46 
 
 		 135 aa  141  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.511001  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2942  NusB antitermination factor  57.58 
 
 		 138 aa  140  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000122519  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  54.55 
 
 		 136 aa  140  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  55.97 
 
 		 139 aa  140  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1391  NusB antitermination factor  53.49 
 
 		 144 aa  135  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.243809  normal  0.057141 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  55.22 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  53.08 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  55.3 
 
 		 138 aa  134  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  55.07 
 
 		 144 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  48.89 
 
 		 153 aa  130  6e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  49.62 
 
 		 136 aa  130  6.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2269  NusB antitermination factor  49.62 
 
 		 136 aa  128  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.190221  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12640  transcription antitermination factor NusB  51.54 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0196868  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1094  transcription antitermination protein NusB  50.75 
 
 		 142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3008  NusB antitermination factor  52.89 
 
 		 136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  51.49 
 
 		 138 aa  123  8.000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  47.01 
 
 		 162 aa  122  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  47.01 
 
 		 162 aa  122  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  47.01 
 
 		 162 aa  122  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2652  transcription antitermination protein NusB  47.33 
 
 		 163 aa  122  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12640  NusB antitermination factor  47.01 
 
 		 137 aa  120  5e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0537288 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  51.59 
 
 		 153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0470  NusB antitermination factor  49.23 
 
 		 167 aa  117  4.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  46.27 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3146  NusB antitermination factor  47.79 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121302 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12553  transcription antitermination protein NusB  43.41 
 
 		 156 aa  107  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0342122 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0880  NusB antitermination factor  44.35 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  55.66 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  42.64 
 
 		 138 aa  102  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0919  transcription antitermination factor NusB  44.62 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0083  transcription termination factor  41.22 
 
 		 190 aa  100  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1703  NusB antitermination factor  49.52 
 
 		 135 aa  100  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.747293  normal  0.0502801 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2334  transcription antitermination factor NusB  43.38 
 
 		 163 aa  99.4  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.225002  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  43.94 
 
 		 155 aa  98.2  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  45.38 
 
 		 183 aa  98.6  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  41.22 
 
 		 195 aa  97.1  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  42.74 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  42.31 
 
 		 153 aa  95.5  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 143 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 154 aa  94  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  35.94 
 
 		 134 aa  93.6  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  40.44 
 
 		 162 aa  93.6  9e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  34.09 
 
 		 141 aa  93.2  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  40 
 
 		 151 aa  91.3  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 156 aa  90.9  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  36.57 
 
 		 140 aa  87.8  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  36.3 
 
 		 148 aa  87.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  35.92 
 
 		 145 aa  87  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  41.35 
 
 		 150 aa  86.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1747  transcription antitermination factor NusB  33.33 
 
 		 136 aa  86.3  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  34.35 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1457  NusB antitermination factor  40 
 
 		 139 aa  86.7  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0617192  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  39.06 
 
 		 143 aa  85.5  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  35.92 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  35.51 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  36 
 
 		 140 aa  85.1  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  33.59 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  37.96 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  37.12 
 
 		 133 aa  84  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.64 
 
 		 130 aa  83.6  9e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  34.09 
 
 		 154 aa  83.6  9e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  33.33 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  36.22 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  35.11 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  34.09 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  35.07 
 
 		 139 aa  81.6  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  34.85 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  35.94 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  36.22 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  35.88 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  35.43 
 
 		 130 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  35.11 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  44.19 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  32.06 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  32.31 
 
 		 145 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  31.25 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14710  transcription antitermination factor NusB  39.1 
 
 		 178 aa  79  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.655877  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  30.08 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  35.11 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0431  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.232136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  33.83 
 
 		 153 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0405  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  32.56 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  37.5 
 
 		 166 aa  76.6  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>