235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1401 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1401  NusB/RsmB/TIM44  100 
 
 		 316 aa  647    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6247  NusB antitermination factor  34.5 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2202  transcription termination factor-like protein  36.51 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12923  putative N utilization substance protein  33.44 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6330  NusB antitermination factor  32.23 
 
 		 378 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.847383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  32.75 
 
 		 388 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1966  N utilization substance protein B  30.26 
 
 		 302 aa  162  9e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0692003  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0807  NusB family protein  28.65 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2447  antitermination factor  31.29 
 
 		 389 aa  154  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351781  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  43.66 
 
 		 165 aa  126  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0422  hypothetical protein  27.97 
 
 		 378 aa  103  3e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  40.98 
 
 		 168 aa  89.4  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  39.17 
 
 		 168 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  41.35 
 
 		 169 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  35.17 
 
 		 165 aa  85.1  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  44.09 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  45.05 
 
 		 164 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  43.14 
 
 		 163 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  36.36 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1002  NusB antitermination factor  39.56 
 
 		 151 aa  74.7  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  38.2 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  37.08 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  36.05 
 
 		 144 aa  68.6  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  32.71 
 
 		 143 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  38.89 
 
 		 143 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  33.7 
 
 		 130 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.89 
 
 		 138 aa  67  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  32.03 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  31.18 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  34.26 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  31.62 
 
 		 151 aa  65.1  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  36.17 
 
 		 138 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  35.29 
 
 		 145 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  26.23 
 
 		 166 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  42.42 
 
 		 145 aa  63.9  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  31.97 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  31.67 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  38.81 
 
 		 154 aa  62.4  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  35.23 
 
 		 141 aa  62  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  36.14 
 
 		 154 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  31.53 
 
 		 143 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  39.39 
 
 		 142 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1642  NusB antitermination factor  30.59 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  31.51 
 
 		 154 aa  60.8  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0470  NusB antitermination factor  32.5 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0239  N utilization substance protein B, putative  35.92 
 
 		 160 aa  60.5  0.00000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  28.36 
 
 		 147 aa  60.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0564  hypothetical protein  34.09 
 
 		 134 aa  60.5  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000187667  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  28.36 
 
 		 147 aa  60.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  30.59 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  28.68 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1001  NusB antitermination factor  30.68 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000103946  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1534  transcription antitermination protein NusB  27.97 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.276167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  34.44 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08000  transcription antitermination factor NusB  36.36 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  31.52 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  29.17 
 
 		 145 aa  58.5  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 140 aa  58.9  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1038  NusB antitermination factor  27.88 
 
 		 148 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000780031  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  30.59 
 
 		 150 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  32.5 
 
 		 165 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  31.62 
 
 		 148 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  29.09 
 
 		 135 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4282  NusB antitermination factor  32.04 
 
 		 144 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.683816 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  27.5 
 
 		 143 aa  57.8  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  30.43 
 
 		 130 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  29.67 
 
 		 130 aa  57  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05250  transcription antitermination factor NusB  32.56 
 
 		 162 aa  57  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.615049  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1278  N utilization substance protein B  27.5 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.279513  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  36.92 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  37.31 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  28.42 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  30.49 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  40 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  31.82 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1622  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 164 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  34.12 
 
 		 154 aa  55.5  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  40.98 
 
 		 145 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2589  NusB antitermination factor  30.86 
 
 		 165 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3601  transcription antitermination factor NusB  32.29 
 
 		 163 aa  55.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.397135  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  28.33 
 
 		 143 aa  55.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  36.99 
 
 		 135 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2515  NusB antitermination factor  36.11 
 
 		 132 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.797905  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  35.82 
 
 		 142 aa  54.7  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0276  transcription antitermination protein NusB  34.12 
 
 		 211 aa  54.3  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2539  NusB antitermination factor  35.82 
 
 		 195 aa  53.9  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  26.95 
 
 		 155 aa  53.9  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 135 aa  53.9  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06300  NusB antitermination factor  30.68 
 
 		 134 aa  53.5  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000202636  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  30.59 
 
 		 139 aa  53.1  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>