288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6247 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6247  NusB antitermination factor  100 
 
 		 309 aa  640    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1401  NusB/RsmB/TIM44  34.5 
 
 		 316 aa  205  7e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00979954 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2202  transcription termination factor-like protein  32.14 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12923  putative N utilization substance protein  31.6 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4924  NusB antitermination factor  30.97 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0953586 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1966  N utilization substance protein B  25.65 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0692003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6330  NusB antitermination factor  35.03 
 
 		 378 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.847383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2447  antitermination factor  31.56 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.351781  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0030  NusB antitermination factor  48.57 
 
 		 165 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0807  NusB family protein  25.63 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0422  hypothetical protein  29.61 
 
 		 378 aa  98.6  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  40.78 
 
 		 168 aa  85.5  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  41.75 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  35.42 
 
 		 146 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1043  NusB antitermination factor  36.08 
 
 		 144 aa  77.4  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310425  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1679  NusB antitermination factor  37.3 
 
 		 163 aa  77  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  36.73 
 
 		 145 aa  74.7  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1702  NusB antitermination factor  34.95 
 
 		 139 aa  74.7  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1382  NusB antitermination factor  37.37 
 
 		 151 aa  73.2  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0505  NusB antitermination factor  47.37 
 
 		 171 aa  71.6  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.615101  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  41.24 
 
 		 165 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0847  transcription antitermination protein NusB  44.29 
 
 		 141 aa  70.9  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  36.17 
 
 		 148 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  47.37 
 
 		 164 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2179  NusB antitermination factor  39.08 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000219887  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1628  NusB antitermination factor  39.33 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  39.53 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  38.37 
 
 		 130 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1069  NusB antitermination factor  34.38 
 
 		 143 aa  69.7  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269454  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0417  NusB antitermination factor  34.92 
 
 		 169 aa  69.3  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1708  NusB antitermination factor  36.56 
 
 		 147 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.12686 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1230  NusB antitermination factor  40 
 
 		 145 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000275849 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3020  NusB antitermination factor  40 
 
 		 145 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.532849  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  34.12 
 
 		 133 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1038  NusB antitermination factor  33.68 
 
 		 148 aa  68.9  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000780031  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  42.86 
 
 		 141 aa  68.2  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  45.71 
 
 		 142 aa  67.8  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2078  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 135 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00119189  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  38.37 
 
 		 142 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1905  NusB antitermination factor  32.71 
 
 		 145 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0246  transcription antitermination protein NusB  34.12 
 
 		 130 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1792  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 135 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0058  NusB antitermination factor  37.76 
 
 		 154 aa  67.4  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.233824  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1424  NusB antitermination factor  35.92 
 
 		 147 aa  66.6  0.0000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.132746  normal  0.0757739 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  34.62 
 
 		 142 aa  66.6  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1692  N utilization substance protein B  38.2 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.360418  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  44.29 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2075  NusB antitermination factor  32.38 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.248305  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2598  NusB antitermination factor  35.48 
 
 		 156 aa  65.9  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1780  NusB antitermination factor  37.68 
 
 		 166 aa  65.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.97176  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1295  NusB antitermination factor  35 
 
 		 143 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0457508  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2438  transcription antitermination factor NusB  35.11 
 
 		 154 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.841246  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0470  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 167 aa  64.7  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  35.42 
 
 		 156 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4342  transcription antitermination protein NusB  33.96 
 
 		 209 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2006  NusB antitermination factor  29.17 
 
 		 136 aa  63.5  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000909018 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3205  NusB antitermination factor  33.66 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  32.69 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2359  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.600142  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2406  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.798177  normal  0.0506261 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2400  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.199761 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1706  NusB antitermination factor  36.36 
 
 		 138 aa  62.4  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188231  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  39.08 
 
 		 134 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  30.97 
 
 		 165 aa  62  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0834  NusB antitermination factor  33.71 
 
 		 145 aa  62.4  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000205834  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1020  NusB antitermination factor  33.7 
 
 		 138 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000376334  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1589  NusB antitermination factor  29.59 
 
 		 213 aa  61.2  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  31.68 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1839  NusB antitermination factor  35.63 
 
 		 138 aa  61.6  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156187  normal  0.178844 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3091  NusB antitermination factor  32.61 
 
 		 165 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10765 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0784  transcription antitermination protein NusB  34.38 
 
 		 131 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  32.65 
 
 		 154 aa  61.6  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0424  NusB antitermination factor  31.4 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.518961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1452  transcription antitermination protein NusB  27.89 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1693  transcription antitermination protein NusB  39.24 
 
 		 144 aa  60.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  35.29 
 
 		 133 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1089  NusB antitermination factor  30.69 
 
 		 143 aa  60.5  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.441067  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1279  NusB antitermination factor  36.26 
 
 		 155 aa  60.8  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0274165  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1478  transcription antitermination protein NusB  27.89 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.705133 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3481  NusB antitermination factor  35.87 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0412156  normal  0.48077 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5248  NusB antitermination factor  34.78 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1860  NusB antitermination factor  35.42 
 
 		 153 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0403  transcription antitermination protein NusB  39.44 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1328  NusB antitermination factor  34.48 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.732904  normal  0.808756 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15520  transcription antitermination factor NusB  34.88 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3751  transcription antitermination protein NusB  35.9 
 
 		 164 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.110762 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2032  NusB antitermination factor  35.23 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2854  transcription antitermination factor NusB  36.14 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.026824  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2418  transcription antitermination factor NusB  33.71 
 
 		 135 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.136308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>