More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1620 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 160 aa  324  4.0000000000000003e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  81.29 
 
 		 160 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  81.29 
 
 		 160 aa  262  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  78.75 
 
 		 160 aa  261  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  71.72 
 
 		 171 aa  217  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  71.72 
 
 		 171 aa  217  5e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  68.59 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  64.52 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  62.66 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  59.48 
 
 		 174 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  58.02 
 
 		 169 aa  191  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  55.9 
 
 		 169 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  60 
 
 		 160 aa  187  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  60 
 
 		 161 aa  186  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  59.31 
 
 		 174 aa  183  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  56.41 
 
 		 169 aa  183  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  50.98 
 
 		 197 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  50.35 
 
 		 163 aa  150  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  45.81 
 
 		 171 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  45.81 
 
 		 171 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  50 
 
 		 154 aa  148  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  47.89 
 
 		 172 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  50 
 
 		 155 aa  145  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  55.88 
 
 		 171 aa  144  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  48.23 
 
 		 156 aa  142  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  47.52 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  46.21 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  47.52 
 
 		 157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  42.68 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  44.76 
 
 		 153 aa  124  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  46.1 
 
 		 157 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  46.1 
 
 		 155 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  45.31 
 
 		 148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  41.03 
 
 		 165 aa  111  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  40.38 
 
 		 159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  43.18 
 
 		 151 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  40.27 
 
 		 183 aa  104  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  35.75 
 
 		 185 aa  98.2  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  37.42 
 
 		 165 aa  95.9  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  37.58 
 
 		 159 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  37.58 
 
 		 159 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  36.77 
 
 		 149 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  36.3 
 
 		 165 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  39.86 
 
 		 166 aa  87.8  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  37.59 
 
 		 134 aa  84.7  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  38.3 
 
 		 134 aa  84.7  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  35.53 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  36.43 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  33.54 
 
 		 159 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 134 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  36.81 
 
 		 133 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1059  transcription antitermination protein NusB  38.19 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  34.21 
 
 		 166 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  36.17 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  32.3 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  34.03 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  35.77 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1053  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  35.46 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  34.97 
 
 		 148 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  35.77 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 150 aa  75.1  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  34.21 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  34.21 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  34.21 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  32.92 
 
 		 156 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0942  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0063504 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1449  transcription antitermination factor NusB  32.24 
 
 		 156 aa  74.3  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.393092  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4292  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  36.03 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  37.72 
 
 		 141 aa  73.6  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4255  transcription antitermination protein NusB  36.5 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4086  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0398427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3924  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3935  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0242683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4406  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4202  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000627912 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4312  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  32.65 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  33.99 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  35.1 
 
 		 196 aa  72.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4034  transcription antitermination protein NusB  37.23 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  33.8 
 
 		 133 aa  72.4  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  32.61 
 
 		 136 aa  72  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  32.08 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 159 aa  71.6  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  30.34 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  31.45 
 
 		 155 aa  71.2  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>