185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1553 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  100 
 
 		 166 aa  332  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  67.33 
 
 		 159 aa  192  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  61.9 
 
 		 165 aa  190  9e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  64.67 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  64.67 
 
 		 157 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  64.71 
 
 		 160 aa  187  8e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  64.83 
 
 		 157 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  42.59 
 
 		 169 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  45.4 
 
 		 174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  42.41 
 
 		 183 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  44.59 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  42.11 
 
 		 163 aa  104  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  45.45 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  39.55 
 
 		 185 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  43.57 
 
 		 160 aa  102  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  43.48 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  44.59 
 
 		 160 aa  100  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  41.26 
 
 		 153 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  43.95 
 
 		 161 aa  98.2  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 155 aa  98.2  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 165 aa  97.4  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  40.62 
 
 		 168 aa  96.7  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  42.47 
 
 		 154 aa  95.9  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  40.14 
 
 		 154 aa  95.5  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 171 aa  94.7  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  40.94 
 
 		 156 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  41.61 
 
 		 156 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  40.58 
 
 		 171 aa  92.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  40.85 
 
 		 160 aa  92.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  38.89 
 
 		 160 aa  91.7  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 160 aa  89.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  39.31 
 
 		 167 aa  88.6  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  36.31 
 
 		 197 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  38.89 
 
 		 160 aa  88.6  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  37.93 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  37.93 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  37.93 
 
 		 172 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  34.72 
 
 		 149 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  37.07 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  34.06 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  32.06 
 
 		 151 aa  64.3  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  29.73 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  32.16 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  33.1 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  34.07 
 
 		 135 aa  60.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0784  putative N utilization substance protein B  23.97 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0291  hypothetical protein  30.21 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  32.14 
 
 		 155 aa  58.2  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  32.48 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0164  NusB antitermination factor  28.48 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  31.85 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  33.57 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1228  NusB antitermination factor  30.22 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0502  NusB antitermination factor  27.54 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  33.57 
 
 		 138 aa  54.7  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0096  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  28.86 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  32.59 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1714  NusB antitermination factor  43.42 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  30.15 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  28.19 
 
 		 165 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1616  NusB antitermination factor  31.69 
 
 		 137 aa  52.4  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.686883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 131 aa  52.4  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  33.11 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1654  N utilization substance protein B  39.06 
 
 		 198 aa  51.6  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00612472  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  29.86 
 
 		 196 aa  52  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  28.39 
 
 		 145 aa  51.6  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  32.17 
 
 		 142 aa  51.6  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  32.17 
 
 		 142 aa  51.6  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1988  NusB antitermination factor  27.54 
 
 		 164 aa  51.6  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1061  transcription antitermination factor NusB  26.28 
 
 		 143 aa  51.6  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000379385  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  32.17 
 
 		 142 aa  51.6  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  30.67 
 
 		 166 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  31.25 
 
 		 143 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  38.24 
 
 		 145 aa  51.2  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0239  N utilization substance protein B, putative  23.78 
 
 		 160 aa  50.8  0.000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  29.05 
 
 		 174 aa  50.8  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  31.16 
 
 		 134 aa  50.8  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  29.34 
 
 		 158 aa  50.8  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1657  transcription antitermination protein NusB  30.71 
 
 		 136 aa  50.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  28.39 
 
 		 145 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  28.39 
 
 		 145 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  34.69 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  34.69 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>