More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4644 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 169 aa  340  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  76.51 
 
 		 169 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  79.25 
 
 		 174 aa  266  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  73.49 
 
 		 169 aa  255  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  78.06 
 
 		 160 aa  254  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  72.51 
 
 		 174 aa  253  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  78 
 
 		 161 aa  249  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  62.84 
 
 		 154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  61.49 
 
 		 163 aa  194  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  60.81 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  58.02 
 
 		 160 aa  191  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  59.73 
 
 		 197 aa  186  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  57.05 
 
 		 172 aa  182  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  59.21 
 
 		 171 aa  180  8.000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  59.21 
 
 		 171 aa  180  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  57.05 
 
 		 171 aa  179  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  57.05 
 
 		 171 aa  179  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  55.78 
 
 		 160 aa  178  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  58.55 
 
 		 168 aa  177  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  55.1 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  58.78 
 
 		 156 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  58.11 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  50.93 
 
 		 160 aa  175  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  56.64 
 
 		 154 aa  167  7e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  53.99 
 
 		 167 aa  160  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  54.74 
 
 		 171 aa  141  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  44.93 
 
 		 160 aa  127  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  41.78 
 
 		 149 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  44.76 
 
 		 153 aa  122  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  46.15 
 
 		 160 aa  121  6e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  44.22 
 
 		 157 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  44.76 
 
 		 155 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  44.76 
 
 		 157 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  41.1 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  44.22 
 
 		 159 aa  110  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  45.04 
 
 		 151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  42.97 
 
 		 148 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  38.8 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  39.87 
 
 		 165 aa  104  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  39.87 
 
 		 183 aa  104  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  44.93 
 
 		 166 aa  94.7  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  38.51 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  38.51 
 
 		 159 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  35.44 
 
 		 158 aa  91.7  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  38.19 
 
 		 159 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  34.64 
 
 		 165 aa  84  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  34.64 
 
 		 165 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  37.5 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  36.05 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  36.11 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  35.25 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  35.97 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  36.18 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  35.71 
 
 		 134 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  29.41 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  34.53 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  34.76 
 
 		 159 aa  79  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  32 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  36.76 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  31.29 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  35.9 
 
 		 166 aa  77  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  35.53 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  33.33 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  31.69 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  32.39 
 
 		 133 aa  74.7  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  32.91 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  32.86 
 
 		 155 aa  73.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  32.77 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  35.53 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  35.53 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  35.53 
 
 		 166 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  32.28 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  32.45 
 
 		 145 aa  72  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  30.13 
 
 		 158 aa  71.6  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  36.43 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  32.88 
 
 		 155 aa  70.9  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  31.17 
 
 		 156 aa  70.9  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  32.84 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  36.23 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  33.58 
 
 		 138 aa  68.2  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  31.54 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  31.54 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2875  transcription antitermination protein NusB  31.62 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0967797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2325  transcription antitermination protein NusB  33.82 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000736737  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  28.68 
 
 		 154 aa  67.8  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>