More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_4281 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  100 
 
 		 163 aa  328  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  61.49 
 
 		 169 aa  194  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  58.28 
 
 		 169 aa  193  9e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  57.23 
 
 		 169 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  57.67 
 
 		 161 aa  190  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  57.52 
 
 		 160 aa  190  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  57.43 
 
 		 174 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  54.97 
 
 		 174 aa  183  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  57.05 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  57.93 
 
 		 154 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  53.55 
 
 		 197 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  52.5 
 
 		 171 aa  168  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  52.5 
 
 		 171 aa  168  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  53.02 
 
 		 172 aa  165  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  53.33 
 
 		 156 aa  163  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  52.7 
 
 		 156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  51.37 
 
 		 171 aa  154  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  51.37 
 
 		 171 aa  154  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  50 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  51.06 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  49.32 
 
 		 160 aa  151  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  50.35 
 
 		 160 aa  150  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  47.26 
 
 		 160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  43.79 
 
 		 154 aa  141  4e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  52.29 
 
 		 171 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  49.3 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  43.06 
 
 		 149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  44.3 
 
 		 160 aa  129  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  44.81 
 
 		 157 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  46.67 
 
 		 159 aa  122  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  44.94 
 
 		 160 aa  122  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 155 aa  120  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 157 aa  120  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  43.37 
 
 		 165 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  49.62 
 
 		 148 aa  117  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  45.31 
 
 		 151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  40.52 
 
 		 183 aa  114  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  40.52 
 
 		 153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  39.05 
 
 		 185 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  41.4 
 
 		 165 aa  104  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  42.25 
 
 		 166 aa  97.1  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 158 aa  80.5  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  37.27 
 
 		 159 aa  80.5  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  34.13 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  37.74 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  37.97 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  37.97 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  37.97 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  38.27 
 
 		 166 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  34.78 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  37.14 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  31.33 
 
 		 174 aa  75.5  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  34.78 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  37.76 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  34.57 
 
 		 159 aa  74.3  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  33.54 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  35.86 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  34.87 
 
 		 196 aa  73.2  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  33.77 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  32.65 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  35.33 
 
 		 150 aa  71.6  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  35.17 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  33.79 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  33.81 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2830  NusB antitermination factor  34.51 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0145632  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2738  NusB antitermination factor  34.51 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0276393  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  33.54 
 
 		 166 aa  70.1  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  34.53 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2922  NusB antitermination factor  34.51 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  36.05 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0522  NusB antitermination factor  29.2 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.518761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  33.09 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00364  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.997296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  33.09 
 
 		 134 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000105955 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0784  putative N utilization substance protein B  25.85 
 
 		 174 aa  68.2  0.00000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0498  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00368  hypothetical protein  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.801313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  35.37 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2727  NusB antitermination factor  34.48 
 
 		 143 aa  68.2  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  38.74 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  35.86 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  32.37 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1215  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>