More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1014 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.4 
 
 		 336 aa  666    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 336 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.67 
 
 		 336 aa  564  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.96 
 
 		 332 aa  428  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.31 
 
 		 332 aa  408  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.73 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.7 
 
 		 334 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.33 
 
 		 336 aa  364  1e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 		 332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.74 
 
 		 333 aa  334  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.34 
 
 		 332 aa  321  9.000000000000001e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.69 
 
 		 332 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  54.7 
 
 		 296 aa  318  7.999999999999999e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.78 
 
 		 333 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.34 
 
 		 355 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  50.49 
 
 		 342 aa  292  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 		 342 aa  291  8e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 		 342 aa  291  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.71 
 
 		 369 aa  291  1e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  48.93 
 
 		 337 aa  288  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  50.82 
 
 		 342 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  50.49 
 
 		 342 aa  285  9e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  50.49 
 
 		 342 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  48.85 
 
 		 343 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  48.85 
 
 		 343 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  48.85 
 
 		 343 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 339 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.56 
 
 		 331 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.32 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  42.31 
 
 		 441 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 		 442 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 326 aa  172  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.98 
 
 		 330 aa  169  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 		 346 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 		 441 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 		 330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 		 441 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 		 261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 356 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  37.22 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 		 260 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  37.93 
 
 		 331 aa  153  5e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  41.85 
 
 		 247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  34.56 
 
 		 337 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 334 aa  152  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  39.09 
 
 		 544 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  35.62 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  40.43 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 		 404 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 		 327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 		 269 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.39 
 
 		 252 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  35.93 
 
 		 331 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.42 
 
 		 334 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 344 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3168  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 		 270 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.273274  normal  0.685188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 272 aa  139  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 		 248 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 264 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0437  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 		 267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 247 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  32.87 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  35.41 
 
 		 267 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  36.75 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>