More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0291 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 334 aa  689    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  92.51 
 
 		 334 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  65.13 
 
 		 328 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  62.33 
 
 		 345 aa  357  9.999999999999999e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  56.25 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  56.29 
 
 		 335 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  55.52 
 
 		 346 aa  340  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  54.01 
 
 		 337 aa  335  7e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  53.21 
 
 		 336 aa  333  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  54.86 
 
 		 337 aa  333  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.95 
 
 		 334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  53.25 
 
 		 336 aa  327  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.27 
 
 		 323 aa  325  9e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  53.42 
 
 		 346 aa  325  9e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  52.28 
 
 		 331 aa  319  5e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  54.98 
 
 		 327 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  52.29 
 
 		 336 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.96 
 
 		 332 aa  311  9e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 		 327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  55.76 
 
 		 305 aa  306  3e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 		 327 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  50.97 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  51.51 
 
 		 331 aa  291  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  48.78 
 
 		 332 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  50.67 
 
 		 325 aa  285  7e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  54.87 
 
 		 335 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  47.65 
 
 		 325 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 333 aa  279  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.97 
 
 		 350 aa  279  6e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  49.48 
 
 		 350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  50.15 
 
 		 371 aa  265  5.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 		 327 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 		 355 aa  246  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 		 344 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 		 336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  48.63 
 
 		 332 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  47.17 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  49.31 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  36 
 
 		 339 aa  216  5e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.28 
 
 		 336 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 		 369 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  35.79 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  34.53 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  33.69 
 
 		 342 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 		 295 aa  153  4e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  31.99 
 
 		 337 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 355 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.69 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.26 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 334 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 		 330 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  36.82 
 
 		 544 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.49 
 
 		 326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 333 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  31.78 
 
 		 269 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 		 336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  29.22 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.63 
 
 		 239 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35 
 
 		 238 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 242 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.12 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  32.4 
 
 		 441 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.9 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>