More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5733 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  100 
 
 
333 aa  668    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  55.87 
 
 
346 aa  344  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  51.54 
 
 
325 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  51.83 
 
 
336 aa  292  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  55.67 
 
 
327 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  52.35 
 
 
325 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  48.67 
 
 
335 aa  282  7.000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  47.23 
 
 
334 aa  281  8.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  54.86 
 
 
327 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  54.86 
 
 
327 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  52.25 
 
 
328 aa  280  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  48.92 
 
 
336 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  52.2 
 
 
331 aa  275  8e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  50.46 
 
 
371 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.05 
 
 
334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  45.93 
 
 
334 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 
336 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  54.71 
 
 
345 aa  268  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  49.64 
 
 
337 aa  263  3e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
332 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  49.66 
 
 
346 aa  261  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  48.4 
 
 
337 aa  258  1e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
336 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.98 
 
 
323 aa  253  4.0000000000000004e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  52.92 
 
 
335 aa  250  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  51.11 
 
 
305 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  50 
 
 
332 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  51.06 
 
 
331 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  47.67 
 
 
331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  49.36 
 
 
332 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
350 aa  232  8.000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  50 
 
 
332 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  48.21 
 
 
332 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.58 
 
 
327 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  43.88 
 
 
350 aa  222  6e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
344 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
336 aa  195  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.55 
 
 
328 aa  188  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  33.53 
 
 
339 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  33.56 
 
 
336 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 
369 aa  142  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
332 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
342 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
342 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
342 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  33.81 
 
 
342 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  32.3 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
337 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
326 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  32.12 
 
 
337 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
296 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
299 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
295 aa  124  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
332 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
333 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
333 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.21 
 
 
332 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
336 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
335 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
336 aa  116  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
334 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.26 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.26 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.26 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.26 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
332 aa  112  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.26 
 
 
264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  29.26 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.26 
 
 
264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.98 
 
 
241 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
242 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
239 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
242 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
242 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
242 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
239 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
242 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
239 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
239 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.9 
 
 
239 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
269 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>