More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3900 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 327 aa  669    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  42.43 
 
 		 346 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  43.93 
 
 		 325 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  43.05 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  42.81 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  44.44 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 		 331 aa  245  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  45.64 
 
 		 331 aa  244  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 		 346 aa  243  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 		 325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 		 350 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  45.76 
 
 		 345 aa  240  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  43.9 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  43.79 
 
 		 327 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 		 332 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  41.5 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  42.67 
 
 		 331 aa  225  8e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  42.21 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  42.21 
 
 		 327 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  37.58 
 
 		 333 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.95 
 
 		 344 aa  219  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  39.33 
 
 		 337 aa  218  7.999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  42.24 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 		 355 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  41.88 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  38.8 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  41.24 
 
 		 335 aa  203  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  40.99 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  42.2 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  41.84 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.62 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  32.86 
 
 		 339 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 		 328 aa  165  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 337 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  29.39 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.55 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 		 369 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 343 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 336 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 		 295 aa  128  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  31.27 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  29.93 
 
 		 342 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  29.93 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.88 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  29.93 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 291 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  29.93 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 291 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 291 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  29.56 
 
 		 342 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 		 332 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 272 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 		 272 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.32 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.48 
 
 		 241 aa  106  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 239 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 		 252 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.2 
 
 		 239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>