More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5638 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  99.12 
 
 		 342 aa  693    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 342 aa  697    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  93.69 
 
 		 342 aa  614  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  92.33 
 
 		 342 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  92.74 
 
 		 342 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  92.04 
 
 		 342 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  81.7 
 
 		 343 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  81.39 
 
 		 343 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  81.39 
 
 		 343 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  81.07 
 
 		 343 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  81.07 
 
 		 343 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  81.07 
 
 		 343 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  81.07 
 
 		 343 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  59.88 
 
 		 337 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 		 369 aa  320  1.9999999999999998e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 		 332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 		 336 aa  295  6e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.88 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 		 336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 		 336 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.85 
 
 		 337 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.37 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  50.17 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.16 
 
 		 336 aa  263  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 		 332 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.25 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.64 
 
 		 333 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.52 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.87 
 
 		 332 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 		 339 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  38.95 
 
 		 336 aa  205  7e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 295 aa  181  1e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 		 327 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 		 346 aa  169  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 		 323 aa  160  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  35.79 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 355 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  35.94 
 
 		 328 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 		 337 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 		 335 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 		 441 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  36.33 
 
 		 544 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.13 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  31.74 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  33.23 
 
 		 441 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  34.42 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  34.56 
 
 		 332 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  33.58 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 404 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 441 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 337 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 261 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  33.21 
 
 		 325 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 267 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 246 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 356 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.93 
 
 		 327 aa  125  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.58 
 
 		 264 aa  123  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.58 
 
 		 264 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 		 264 aa  122  7e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>