More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0343 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
314 aa  629  1e-179  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
299 aa  235  6e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
291 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
291 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
291 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
299 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
441 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  37.37 
 
 
441 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  36.39 
 
 
441 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
326 aa  162  9e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 
328 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  37.37 
 
 
442 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.49 
 
 
336 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  40.61 
 
 
337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
334 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
334 aa  152  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
327 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
356 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.69 
 
 
404 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
335 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 
332 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.82 
 
 
293 aa  142  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
332 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
333 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  34.8 
 
 
544 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
336 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.49 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
336 aa  129  6e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
337 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
296 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
339 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
332 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
332 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
341 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  28.9 
 
 
331 aa  123  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
326 aa  122  6e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 
355 aa  122  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
328 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  31.18 
 
 
336 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
261 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
369 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
355 aa  119  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  30 
 
 
336 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.42 
 
 
267 aa  119  7e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
257 aa  119  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
327 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  29 
 
 
346 aa  116  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
333 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
277 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  31.83 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  30.93 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 
346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
293 aa  114  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  29.45 
 
 
295 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  30.58 
 
 
342 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
334 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.62 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  27.4 
 
 
328 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  31.14 
 
 
286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  29.9 
 
 
342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  30.24 
 
 
342 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  29.9 
 
 
342 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
332 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.43 
 
 
284 aa  108  1e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  32.69 
 
 
269 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  27.4 
 
 
332 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 
269 aa  107  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  30.63 
 
 
336 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  28.73 
 
 
295 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  29.58 
 
 
336 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.74 
 
 
239 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  29.29 
 
 
325 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
239 aa  106  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
242 aa  105  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
228 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.126746  normal  0.0331408 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
242 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
242 aa  105  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
242 aa  105  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
242 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
239 aa  105  9e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
239 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  29.37 
 
 
325 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  27.87 
 
 
334 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>