More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6571 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  99.08 
 
 		 327 aa  643    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 327 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  84.71 
 
 		 327 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 		 334 aa  354  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  55.23 
 
 		 346 aa  352  4e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  58.02 
 
 		 328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  54 
 
 		 334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  51.97 
 
 		 334 aa  323  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  57.34 
 
 		 325 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  56.81 
 
 		 335 aa  318  7e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  53 
 
 		 336 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  55.84 
 
 		 325 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  58.64 
 
 		 345 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  54.01 
 
 		 336 aa  305  9.000000000000001e-82  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  52.34 
 
 		 333 aa  302  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  53.42 
 
 		 336 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  57.53 
 
 		 331 aa  298  6e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  53.07 
 
 		 337 aa  298  1e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  52.73 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 		 332 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  51.29 
 
 		 346 aa  285  5.999999999999999e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  58.9 
 
 		 371 aa  285  8e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  55.56 
 
 		 305 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  53.71 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  61.01 
 
 		 335 aa  275  6e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  55.11 
 
 		 331 aa  275  7e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  54.7 
 
 		 336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  53.31 
 
 		 331 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  46.83 
 
 		 350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  52.78 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 327 aa  239  4e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  53.82 
 
 		 332 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  53.82 
 
 		 332 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.89 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 		 355 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  39.42 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 		 328 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 		 342 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 		 342 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  37.85 
 
 		 342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 355 aa  173  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 		 342 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 		 337 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 		 336 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 369 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 295 aa  152  8.999999999999999e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  36.5 
 
 		 343 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 341 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.03 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  38.43 
 
 		 544 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.31 
 
 		 335 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 404 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 		 442 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 264 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.93 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>