More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2427 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  79.78 
 
 		 441 aa  723    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  83.22 
 
 		 441 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 442 aa  900    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  83.94 
 
 		 441 aa  756    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  68.86 
 
 		 327 aa  364  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  47.48 
 
 		 333 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  49.37 
 
 		 337 aa  288  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  50.35 
 
 		 328 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 		 404 aa  277  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.93 
 
 		 326 aa  255  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 		 327 aa  249  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 		 334 aa  249  8e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  45.3 
 
 		 544 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.1 
 
 		 335 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 		 356 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 		 330 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.08 
 
 		 330 aa  230  4e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 		 326 aa  229  7e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.74 
 
 		 293 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.73 
 
 		 332 aa  227  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 		 328 aa  216  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.41 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 		 334 aa  206  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 339 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 		 336 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 355 aa  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 		 332 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 296 aa  153  5.9999999999999996e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 		 342 aa  152  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 		 261 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 295 aa  147  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 277 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 		 326 aa  146  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 		 314 aa  146  9e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.55 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 		 341 aa  144  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 334 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 267 aa  140  6e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2791  hypothetical protein  65.26 
 
 		 165 aa  140  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 342 aa  140  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.23 
 
 		 332 aa  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 299 aa  136  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  37.66 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.14 
 
 		 236 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 346 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 343 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 343 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 		 343 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 		 245 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 		 247 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 		 264 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 		 247 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 248 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 260 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 290 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 		 247 aa  123  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0407  short chain dehydrogenase  33.97 
 
 		 263 aa  123  8e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.253685 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  43.23 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.8 
 
 		 264 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.12 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 257 aa  122  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  37.05 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.8 
 
 		 264 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.8 
 
 		 264 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.56 
 
 		 239 aa  121  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>