More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3507 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 355 aa  722    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.7 
 
 		 332 aa  332  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.88 
 
 		 332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.08 
 
 		 336 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.74 
 
 		 337 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.51 
 
 		 336 aa  285  7e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 		 369 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  53.12 
 
 		 342 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  53.12 
 
 		 342 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.51 
 
 		 336 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  52.43 
 
 		 342 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 		 336 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  48.49 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.84 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  51.74 
 
 		 342 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  51.74 
 
 		 342 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  51.74 
 
 		 342 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  45.88 
 
 		 337 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.35 
 
 		 332 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 		 333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  50.17 
 
 		 343 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  50.17 
 
 		 343 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  50.17 
 
 		 343 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 		 332 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15937  normal  0.0190305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.02 
 
 		 332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.04 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 		 331 aa  246  6e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.13 
 
 		 333 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 326 aa  172  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  35.31 
 
 		 328 aa  172  7.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 327 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  36.61 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 		 327 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 		 331 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  33.01 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 		 323 aa  157  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  29.75 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 		 441 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 355 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 		 337 aa  142  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 		 441 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 261 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 		 260 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  31.93 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  36.13 
 
 		 544 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 		 371 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  30.66 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 		 331 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  31.32 
 
 		 331 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 		 332 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 		 441 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  32.13 
 
 		 337 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  32.03 
 
 		 346 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 		 404 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 		 264 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.59 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.59 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.59 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 		 336 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 		 264 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.17 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.17 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.42 
 
 		 264 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 		 264 aa  126  5e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>