More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2604 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  80.22 
 
 
441 aa  722    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  82.25 
 
 
441 aa  730    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  83.94 
 
 
442 aa  756    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  100 
 
 
441 aa  899    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 
327 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  50 
 
 
333 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  50.64 
 
 
337 aa  295  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  51.39 
 
 
328 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
404 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
326 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
334 aa  253  7e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
334 aa  252  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
327 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  44.62 
 
 
544 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
335 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
330 aa  239  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.95 
 
 
330 aa  236  8e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.29 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
332 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.25 
 
 
293 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.37 
 
 
328 aa  221  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
336 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
299 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
334 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  36.25 
 
 
339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.39 
 
 
336 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 
336 aa  160  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
336 aa  159  8e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
355 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
336 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
332 aa  152  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
314 aa  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
334 aa  150  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
342 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.35 
 
 
332 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
261 aa  146  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
342 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
342 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
299 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
355 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
296 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
295 aa  142  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
277 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
342 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
291 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
291 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
291 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
342 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
369 aa  140  6e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
342 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
341 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
333 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 
343 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  33.03 
 
 
337 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 
343 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 
343 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
330 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2791  hypothetical protein  62.64 
 
 
165 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
314 aa  133  7.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.1 
 
 
267 aa  133  7.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.14 
 
 
236 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
332 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  32.33 
 
 
346 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 
264 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
245 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
245 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
332 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.65 
 
 
334 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
332 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
248 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 
247 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 
325 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
290 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
317 aa  122  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.24 
 
 
264 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
245 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
248 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.24 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
247 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.24 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.21 
 
 
305 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
245 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
293 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
239 aa  120  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
242 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
242 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
242 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
239 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
239 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>