More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3972 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  100 
 
 
441 aa  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  80.22 
 
 
441 aa  722    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  84.97 
 
 
441 aa  770    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  79.78 
 
 
442 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  66.99 
 
 
327 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  50.65 
 
 
333 aa  292  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  50.68 
 
 
328 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  48.73 
 
 
337 aa  285  9e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.7 
 
 
404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 
327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
326 aa  259  6e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.9 
 
 
334 aa  257  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
334 aa  257  3e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
335 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
330 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  45.64 
 
 
544 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.47 
 
 
356 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
330 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.6 
 
 
293 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
332 aa  238  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
326 aa  237  4e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
328 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
299 aa  219  7e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.76 
 
 
334 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
336 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
355 aa  166  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
339 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
314 aa  153  8e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
336 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
336 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
299 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
336 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
291 aa  146  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
291 aa  146  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
291 aa  146  8.000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
341 aa  145  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
277 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
332 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
326 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
261 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
296 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
295 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
336 aa  141  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
293 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.03 
 
 
334 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
332 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
342 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
342 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
330 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
355 aa  136  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2791  hypothetical protein  67.42 
 
 
165 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
337 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
264 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
342 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  34.85 
 
 
236 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  37.15 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  32 
 
 
337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
247 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  30.35 
 
 
346 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
267 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
343 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
343 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
343 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
245 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
333 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
334 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 
325 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
239 aa  124  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
242 aa  123  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
242 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
242 aa  123  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
239 aa  123  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
242 aa  123  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 
343 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
239 aa  123  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
239 aa  123  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
248 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
242 aa  123  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 
343 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
239 aa  123  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 
343 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 
343 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.96 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.28 
 
 
247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
366 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
247 aa  121  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
245 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
305 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.53 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.53 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.53 
 
 
264 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
245 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
248 aa  120  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>