More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4061 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4061  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 337 aa  668    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  63.06 
 
 		 333 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5897  short chain dehydrogenase  65.87 
 
 		 328 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.41 
 
 		 293 aa  323  2e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.725607  normal  0.816114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  50.64 
 
 		 441 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  50.63 
 
 		 441 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.04 
 
 		 404 aa  299  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  49.37 
 
 		 442 aa  298  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  48.73 
 
 		 441 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.06 
 
 		 334 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.06 
 
 		 334 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.54 
 
 		 356 aa  278  6e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2360  short chain dehydrogenase  51.71 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.113129  hitchhiker  0.00199253 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 		 327 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 		 326 aa  261  8.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 		 330 aa  260  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  44.87 
 
 		 544 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 		 330 aa  255  7e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 		 332 aa  250  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 		 328 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.01 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 		 326 aa  218  2e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248139  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389698  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0648553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 		 291 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.526015 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0343  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.453841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  34.65 
 
 		 337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  36.58 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 		 336 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 		 293 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  30.36 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 		 277 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 342 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  36.23 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.317151 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  30.42 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 		 248 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 		 245 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  32.5 
 
 		 236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 267 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 		 246 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 		 246 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 342 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  38.42 
 
 		 255 aa  126  5e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.2 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 		 257 aa  124  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  39.78 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.31 
 
 		 244 aa  122  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.561593  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  40.7 
 
 		 252 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 		 260 aa  119  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 244 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 		 244 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 		 346 aa  119  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.12 
 
 		 247 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 269 aa  117  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3168  short chain dehydrogenase  41 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.273274  normal  0.685188 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  36.82 
 
 		 247 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>