More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1450 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1450  endonuclease III, putative  100 
 
 		 209 aa  435  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1973  HhH-GPD  80.38 
 
 		 218 aa  351  4e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.75329e-18  normal  0.0273848 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2806  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  75.6 
 
 		 218 aa  327  9e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1914  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  67.3 
 
 		 220 aa  292  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2309  HhH-GPD family protein  66.82 
 
 		 220 aa  288  3e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000091499  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0663  HhH-GPD family protein  61.24 
 
 		 218 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0113206  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1407  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.8 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.67 
 
 		 219 aa  246  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1327  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.42 
 
 		 218 aa  246  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000159505  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2523  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.19 
 
 		 219 aa  244  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181892 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.04 
 
 		 215 aa  242  3e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0873  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.41 
 
 		 227 aa  240  7.999999999999999e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00263227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2166  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  53.4 
 
 		 220 aa  221  7e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0297232  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0888  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.34 
 
 		 225 aa  202  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  45.26 
 
 		 210 aa  193  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1071  hypothetical protein  49.14 
 
 		 356 aa  192  4e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.661198  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  45.92 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  45.92 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0356  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48 
 
 		 356 aa  188  4e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0334689  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1555  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48 
 
 		 356 aa  187  8e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.272014 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  51.14 
 
 		 204 aa  186  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1691  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48.57 
 
 		 356 aa  186  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0628  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.93 
 
 		 357 aa  186  3e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  43.78 
 
 		 203 aa  185  5e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0399  endonuclease III  45.81 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00555795  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.92 
 
 		 218 aa  176  3e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.11 
 
 		 204 aa  170  2e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0366  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48.57 
 
 		 211 aa  166  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4204  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40 
 
 		 220 aa  162  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  37.89 
 
 		 236 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.46 
 
 		 211 aa  150  8.999999999999999e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  37.37 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  35.96 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  37.37 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  37.37 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_002978  WD0789  endonuclease III  37.29 
 
 		 212 aa  150  2e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.584526  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  35.75 
 
 		 207 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01593  hypothetical protein  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1922  endonuclease III  38.76 
 
 		 211 aa  148  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2345  endonuclease III  37.08 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  36.16 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  36.16 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  36.16 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  36.16 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  36.16 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2160  endonuclease III  37.64 
 
 		 211 aa  145  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  39.55 
 
 		 216 aa  146  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  38.42 
 
 		 219 aa  145  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.55 
 
 		 216 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2534  endonuclease III  38.54 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0635036  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  35.35 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  35.96 
 
 		 211 aa  144  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  38.76 
 
 		 211 aa  144  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1562  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  39.43 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2571  endonuclease III  38.2 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  39.55 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  36.36 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  39.77 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0205  endonuclease III/Nth  38.64 
 
 		 252 aa  143  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.911472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  36.32 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.32 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002943  endonuclease III  34.83 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00243051  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  39.2 
 
 		 249 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  39.2 
 
 		 260 aa  142  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  35.26 
 
 		 213 aa  142  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1930  endonuclease III  38.86 
 
 		 216 aa  142  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.491388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02970  endonuclease III  34.66 
 
 		 217 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0305  endonuclease III  37.71 
 
 		 218 aa  142  5e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1886  endonuclease III  37.71 
 
 		 218 aa  142  5e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  34.2 
 
 		 211 aa  141  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43577  predicted protein  40.21 
 
 		 273 aa  141  6e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00140419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2824  endonuclease III  36.22 
 
 		 250 aa  141  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105195 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  36.57 
 
 		 217 aa  141  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1283  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.72 
 
 		 213 aa  141  8e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000427752  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  35.8 
 
 		 211 aa  141  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  33.68 
 
 		 211 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  35.87 
 
 		 211 aa  140  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  36.93 
 
 		 213 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  36.16 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1004  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  36.36 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.557567  normal  0.350835 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1866  endonuclease III  34.83 
 
 		 211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  37.17 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  37.5 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1999  endonuclease III  38 
 
 		 285 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.71433  normal  0.505258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2234  endonuclease III  34.74 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219145 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.12 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  37.11 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  35.42 
 
 		 220 aa  138  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  36.52 
 
 		 210 aa  138  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  38.42 
 
 		 240 aa  137  7.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1270  endonuclease III  34.85 
 
 		 215 aa  137  7.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  35.59 
 
 		 260 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  34.66 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>