More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2309 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2309  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 220 aa  455  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000091499  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1914  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  95.91 
 
 		 220 aa  437  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2806  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  71.36 
 
 		 218 aa  321  6e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1973  HhH-GPD  67.73 
 
 		 218 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.75329e-18  normal  0.0273848 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1450  endonuclease III, putative  66.82 
 
 		 209 aa  288  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0663  HhH-GPD family protein  61.36 
 
 		 218 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0113206  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1327  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  55.91 
 
 		 218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000159505  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  56.52 
 
 		 215 aa  242  3e-63  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2765  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.3 
 
 		 219 aa  237  9e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.361393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1407  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  57.14 
 
 		 220 aa  237  9e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2523  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  53.39 
 
 		 219 aa  231  6e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.181892 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0873  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.46 
 
 		 227 aa  228  6e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00263227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2166  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  54.08 
 
 		 220 aa  209  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0297232  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0888  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45 
 
 		 225 aa  198  7e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0356  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.74 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0334689  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1071  hypothetical protein  45.74 
 
 		 356 aa  190  1e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.661198  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1555  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.03 
 
 		 356 aa  189  2e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.272014 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0628  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.37 
 
 		 357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  50.28 
 
 		 204 aa  181  8.000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  47.49 
 
 		 203 aa  180  1e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1691  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.21 
 
 		 356 aa  180  2e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.57 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  47.78 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  47.78 
 
 		 213 aa  175  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  42.11 
 
 		 210 aa  172  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.51 
 
 		 204 aa  168  6e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0399  endonuclease III  45.81 
 
 		 221 aa  165  4e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00555795  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0366  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.18 
 
 		 211 aa  162  3e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4204  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.62 
 
 		 220 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  36.46 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0826  endonuclease III  36.15 
 
 		 212 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.377332 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1999  endonuclease III  35.96 
 
 		 285 aa  135  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.71433  normal  0.505258 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  36.76 
 
 		 215 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43577  predicted protein  40.22 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00140419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  36.36 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  36.36 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  36.36 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1922  endonuclease III  37.5 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0437  endonuclease III  35.14 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.186096 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.8 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3667  endonuclease III  37.1 
 
 		 219 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000300806  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  37.16 
 
 		 210 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0381  endonuclease III  37.5 
 
 		 258 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  35.39 
 
 		 223 aa  131  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0789  endonuclease III  36.72 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.584526  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  34.66 
 
 		 213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2160  endonuclease III  35.8 
 
 		 211 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  36.36 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  37.14 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  33.97 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  35.39 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  35.43 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0190  endonuclease III  35.87 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0205  endonuclease III  36.93 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0490975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  34.5 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  36.36 
 
 		 213 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  36.36 
 
 		 212 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  36.36 
 
 		 211 aa  129  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  35.03 
 
 		 211 aa  128  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  37.7 
 
 		 217 aa  128  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  34.66 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01593  hypothetical protein  35.59 
 
 		 211 aa  128  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  35.29 
 
 		 236 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2682  endonuclease III  35.59 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1930  endonuclease III  38.27 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.491388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0439  endonuclease III  36.36 
 
 		 254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.45571  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2306  endonuclease III  35.59 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  35.96 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  36.61 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  35.91 
 
 		 212 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  36 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  35.8 
 
 		 209 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4848  endonuclease III  36.36 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  35.71 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2345  endonuclease III  35.03 
 
 		 211 aa  125  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  36 
 
 		 216 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  36.36 
 
 		 256 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  33.89 
 
 		 211 aa  126  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  34.13 
 
 		 211 aa  126  3e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0580  endonuclease III  38.67 
 
 		 222 aa  126  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.814346  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  36.93 
 
 		 213 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  35.8 
 
 		 209 aa  125  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0470  endonuclease III  34.64 
 
 		 235 aa  125  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  33.9 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  34.09 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  34.09 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  34.09 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  34.09 
 
 		 213 aa  125  6e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  35.63 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  33.9 
 
 		 211 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.43 
 
 		 216 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  36.36 
 
 		 261 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>