246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3416 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0844  lipid-A-disaccharide synthase  95.25 
 
 		 380 aa  733    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3416  lipid-A-disaccharide synthase  100 
 
 		 380 aa  768    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3232  lipid-A-disaccharide synthase  61.19 
 
 		 372 aa  463  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.017607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2261  lipid-A-disaccharide synthase  60.42 
 
 		 384 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2350  lipid-A-disaccharide synthase  59.47 
 
 		 384 aa  448  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0767  lipid-A-disaccharide synthase  57.98 
 
 		 383 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3024  lipid-A-disaccharide synthase  55.61 
 
 		 379 aa  424  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1753  Lipid-A-disaccharide synthase  49.87 
 
 		 387 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00112793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1258  lipid-A-disaccharide synthase  47.48 
 
 		 392 aa  364  1e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0400  lipid-A-disaccharide synthase  43.99 
 
 		 384 aa  331  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.636701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0632  lipid-A-disaccharide synthase  44.53 
 
 		 388 aa  330  2e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0735  lipid-A-disaccharide synthase  44.53 
 
 		 376 aa  330  3e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3751  lipid-A-disaccharide synthase  43.24 
 
 		 384 aa  326  5e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.493392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1172  Lipid-A-disaccharide synthase  47.18 
 
 		 388 aa  318  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2837  lipid-A-disaccharide synthase  42.23 
 
 		 389 aa  281  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2625  lipid-A-disaccharide synthase  41.85 
 
 		 383 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1224  lipid-A-disaccharide synthase  39.38 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1484  lipid-A-disaccharide synthase  39.79 
 
 		 384 aa  279  5e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.126592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2589  lipid-A-disaccharide synthase  40.65 
 
 		 377 aa  278  9e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.502663  normal  0.0921926 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1322  lipid-A-disaccharide synthase  38.5 
 
 		 384 aa  276  3e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2806  lipid-A-disaccharide synthase  41.85 
 
 		 383 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.136507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2711  lipid-A-disaccharide synthase  41.85 
 
 		 383 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1325  lipid-A-disaccharide synthase  38.23 
 
 		 384 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1854  lipid-A-disaccharide synthase  38.66 
 
 		 388 aa  273  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000278056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17530  lipid-A-disaccharide synthase  37.2 
 
 		 379 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00012447  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2535  lipid-A-disaccharide synthase  38.5 
 
 		 382 aa  258  1e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4069  lipid-A-disaccharide synthase  38.95 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0368861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2423  lipid-A-disaccharide synthase  36.17 
 
 		 378 aa  252  6e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1604  lipid-A-disaccharide synthase  37.5 
 
 		 375 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0576  lipid-A-disaccharide synthase  39.01 
 
 		 386 aa  251  1e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.019099  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4173  lipid-A-disaccharide synthase  37.5 
 
 		 375 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1159  lipid-A-disaccharide synthase  37.79 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.649767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3777  lipid-A-disaccharide synthase  34.24 
 
 		 382 aa  249  4e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0300164  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1356  lipid-A-disaccharide synthase  37.78 
 
 		 380 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1547  lipid A disaccharide synthase  37.89 
 
 		 380 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3268  lipid-A-disaccharide synthase  38.37 
 
 		 384 aa  246  6e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00291513  normal  0.0527351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2584  Lipid-A-disaccharide synthase  36.94 
 
 		 388 aa  246  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.372762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2535  lipid-A-disaccharide synthase  35.71 
 
 		 392 aa  245  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1358  lipid-A-disaccharide synthase  34.37 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.239828  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04825  lipid-A-disaccharide synthase  35.03 
 
 		 370 aa  243  5e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.273713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2622  lipid-A-disaccharide synthase  36.05 
 
 		 382 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.187524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1026  lipid-A-disaccharide synthase  33.98 
 
 		 394 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2695  lipid-A-disaccharide synthase  36.99 
 
 		 385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.240899  hitchhiker  0.00356669 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2802  lipid-A-disaccharide synthase  36.71 
 
 		 385 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.433655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3422  lipid-A-disaccharide synthase  33.98 
 
 		 394 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00923603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3040  lipid-A-disaccharide synthase  38.99 
 
 		 377 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.683865  normal  0.986497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1079  lipid-A-disaccharide synthase  33.98 
 
 		 394 aa  239  5e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.848234  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2185  lipid-A-disaccharide synthase  35.54 
 
 		 376 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2628  lipid-A-disaccharide synthase  36.71 
 
 		 385 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00918901  normal  0.0975507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1496  lipid-A-disaccharide synthase  38.84 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1253  lipid-A-disaccharide synthase  36.24 
 
 		 419 aa  238  9e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222228  normal  0.65852 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1567  lipid-A-disaccharide synthase  35.28 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0268108  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38860  lipid-A-disaccharide synthase  39.02 
 
 		 380 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2967  lipid-A-disaccharide synthase  35.01 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0634208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17220  lipid-A-disaccharide synthase  38.79 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1458  lipid-A-disaccharide synthase  36.9 
 
 		 398 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00133768  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1283  lipid-A-disaccharide synthase  36.07 
 
 		 382 aa  236  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0224286  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1262  lipid-A-disaccharide synthase  37.09 
 
 		 388 aa  235  9e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1355  lipid-A-disaccharide synthase  38.31 
 
 		 377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1851  lipid-A-disaccharide synthase  37.47 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.216461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1427  lipid-A-disaccharide synthase  34.59 
 
 		 371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3152  lipid-A-disaccharide synthase  33.33 
 
 		 383 aa  233  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00776372  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1417  lipid-A-disaccharide synthase  38.78 
 
 		 390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.903246  normal  0.0685457 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1642  lipid-A-disaccharide synthase  36.71 
 
 		 385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1755  lipid-A-disaccharide synthase  34.22 
 
 		 382 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.625796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1494  lipid-A-disaccharide synthase  36.9 
 
 		 398 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0038622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1463  lipid-A-disaccharide synthase  36.9 
 
 		 398 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000311571  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1291  lipid-A-disaccharide synthase  38.03 
 
 		 377 aa  233  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0853642  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0443  lipid-A-disaccharide synthase  34.11 
 
 		 380 aa  232  9e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0720  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 382 aa  232  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0165687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2872  lipid-A-disaccharide synthase  35.9 
 
 		 383 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1152  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 393 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0153837  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0251  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.660379 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0255  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0267  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1517  lipid-A-disaccharide synthase  33.52 
 
 		 378 aa  231  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0251  lipid-A-disaccharide synthase  35.47 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  0.659788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2889  lipid-A-disaccharide synthase  36.61 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00252112  normal  0.518921 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3421  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000156785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0184  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000688697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0186  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000405274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0175  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00130827  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1908  lipid-A-disaccharide synthase  36.94 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.480286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2039  lipid-A-disaccharide synthase  36.94 
 
 		 389 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.665619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00180  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000177089  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0954  lipid-A-disaccharide synthase  32.69 
 
 		 383 aa  229  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00185677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1361  lipid-A-disaccharide synthase  36.99 
 
 		 384 aa  230  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.505658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00179  hypothetical protein  34.64 
 
 		 382 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0193  lipid-A-disaccharide synthase  34.94 
 
 		 382 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000445848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0192  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.103812  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1568  lipid-A-disaccharide synthase  35.54 
 
 		 393 aa  229  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3478  lipid-A-disaccharide synthase  34.64 
 
 		 382 aa  229  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  normal  0.0362862 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0270  lipid-A-disaccharide synthase  35.17 
 
 		 382 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0314595  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0140  lipid-A-disaccharide synthase  32.74 
 
 		 388 aa  229  7e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00370869  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0798  lipid-A-disaccharide synthase  37.36 
 
 		 372 aa  229  8e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1270  lipid-A-disaccharide synthase  37.18 
 
 		 389 aa  229  9e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1707  lipid-A-disaccharide synthase  35.75 
 
 		 376 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.212206  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0342  lipid-A-disaccharide synthase  35.23 
 
 		 380 aa  227  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.509929  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002760  lipid-A-disaccharide synthase  35.57 
 
 		 379 aa  226  4e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1285  lipid-A-disaccharide synthase  35.8 
 
 		 385 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.906554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>