More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2825 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2825  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 346 aa  702    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1814  radical SAM family protein  83.82 
 
 		 346 aa  565  1e-160  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2622  radical SAM domain-containing protein  77.75 
 
 		 345 aa  525  1e-148  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.11 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.7 
 
 		 395 aa  72.4  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  24.67 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.63 
 
 		 479 aa  70.5  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  24.82 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 		 496 aa  68.2  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  30.73 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.33 
 
 		 399 aa  67  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3170  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  32.26 
 
 		 392 aa  66.2  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  25.62 
 
 		 399 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  30.16 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.26 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1782  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0169  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.8 
 
 		 375 aa  65.1  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.280654  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  26.91 
 
 		 406 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  30.39 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 406 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 363 aa  64.3  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1734  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.96 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  26.11 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.24 
 
 		 398 aa  63.5  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.3 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.38 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 		 377 aa  62.8  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.83 
 
 		 387 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  27.62 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2500  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.89 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.818092  normal  0.994987 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.41 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3173  putative nitrite reductase heme biosynthesis J protein  29.44 
 
 		 404 aa  62.4  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  25.34 
 
 		 394 aa  62  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.6 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  33.78 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.69 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1555  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.68 
 
 		 348 aa  61.2  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0700995  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1337  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.69 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0490637  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1230  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.07 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0359079 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  25.73 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  31.68 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.65 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  26.13 
 
 		 429 aa  60.8  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  31.01 
 
 		 402 aa  60.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 		 368 aa  60.8  0.00000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.87 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0056  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.1 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0808361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04330  Radical SAM domain protein  23.18 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  21.21 
 
 		 561 aa  60.8  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1270  radical SAM domain-containing protein  29.8 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.391836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.83 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0881  radical SAM family Fe-S protein  26.4 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.730435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  32.05 
 
 		 429 aa  60.5  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2651  Radical SAM domain protein  29.76 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.135076 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.98 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  25.41 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  31.41 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  24.66 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 		 409 aa  59.7  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  28.24 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 396 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  24.84 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1023  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  33.54 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00165145 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  29.22 
 
 		 375 aa  59.3  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  25.73 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  27.32 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0518  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  32.69 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.37 
 
 		 373 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  27.37 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  30.12 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2025  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.09 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  21.68 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  24.08 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2372  radical SAM domain-containing protein  32.47 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.223606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3524  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.87 
 
 		 340 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.406525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  27.33 
 
 		 393 aa  57  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 396 aa  57  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  27.06 
 
 		 391 aa  57  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4009  radical SAM domain-containing protein  30.46 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.727225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2586  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.1 
 
 		 340 aa  57  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4646  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 		 371 aa  57  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.39 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0821  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.68 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  24.03 
 
 		 445 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 418 aa  56.2  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6712  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.26 
 
 		 346 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.420701  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2288  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.61 
 
 		 375 aa  56.2  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 391 aa  56.2  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>