111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3357 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3357  radical SAM family protein  100 
 
 		 384 aa  788    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.158709  normal  0.0575022 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3375  radical SAM family protein  29.65 
 
 		 640 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.131592 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0891  hypothetical protein  28.43 
 
 		 344 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1175  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.913807  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3720  radical SAM domain-containing protein  29.49 
 
 		 344 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0048621  normal  0.524582 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2384  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2181  hypothetical protein  29.93 
 
 		 355 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0928383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0419  radical SAM domain-containing protein  29.96 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1611  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2162  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.211612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0858  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0390  Radical SAM domain protein  22.71 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000824452  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1410  Radical SAM domain protein  23.75 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  29.19 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 		 482 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 		 491 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  38.81 
 
 		 800 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 380 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.84 
 
 		 496 aa  54.3  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  33.91 
 
 		 418 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  28.42 
 
 		 330 aa  54.7  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  32.14 
 
 		 423 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  32.14 
 
 		 423 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2394  radical SAM domain-containing protein  27.54 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  27.81 
 
 		 491 aa  52.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  30.86 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  26.39 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  28.99 
 
 		 491 aa  51.2  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5883  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 332 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0516  radical SAM domain-containing protein  30.16 
 
 		 343 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 		 338 aa  51.2  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0924  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0911  radical SAM domain-containing protein  30.49 
 
 		 497 aa  50.8  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 446 aa  50.4  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3378  hypothetical protein  34.83 
 
 		 595 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  29.66 
 
 		 420 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 		 389 aa  49.7  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  22.55 
 
 		 378 aa  48.9  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.1 
 
 		 479 aa  48.9  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1685  hypothetical protein  33.71 
 
 		 314 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0732068  normal  0.0666172 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.5 
 
 		 501 aa  49.3  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  27.43 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  29.14 
 
 		 381 aa  48.9  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  35.21 
 
 		 335 aa  48.5  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 		 333 aa  48.9  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0165  radical SAM domain-containing protein  42.62 
 
 		 482 aa  48.9  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 		 333 aa  48.5  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.31 
 
 		 399 aa  47.8  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0897  radical SAM family protein  29.66 
 
 		 380 aa  47.8  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  34.29 
 
 		 330 aa  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11698  molybdopterin biosynthesis protein moeX  34.29 
 
 		 330 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.509473 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2366  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.87 
 
 		 332 aa  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  36.45 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  28.29 
 
 		 380 aa  47.8  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  41.18 
 
 		 345 aa  47  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1242  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.27 
 
 		 353 aa  47  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00350809  normal  0.534968 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0793  radical SAM family Fe-S protein  30.89 
 
 		 706 aa  47  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.768021  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  34.67 
 
 		 422 aa  46.6  0.0007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  28.57 
 
 		 332 aa  46.6  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1844  Radical SAM domain protein  29.91 
 
 		 453 aa  46.6  0.0008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  26.11 
 
 		 487 aa  46.2  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 398 aa  45.4  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0194  radical SAM domain-containing protein  34.44 
 
 		 579 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.369341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1985  Methyltransferase type 11  28.12 
 
 		 1000 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 		 366 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  37.7 
 
 		 439 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2660  Fe-S oxidoreductase, putative coenzyme synthesis protein  32 
 
 		 344 aa  45.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1687  radical SAM family protein  36.76 
 
 		 460 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00336089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  31.43 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1390  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.14 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.212128  normal  0.415748 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2208  Radical SAM domain protein  38.1 
 
 		 460 aa  45.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0956  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 532 aa  45.4  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000891035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  25 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1322  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  22.15 
 
 		 317 aa  44.3  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.331504  normal  0.241678 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2372  radical SAM domain-containing protein  30.63 
 
 		 377 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.223606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 429 aa  44.3  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 316 aa  44.3  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1163  radical SAM domain-containing protein  37.7 
 
 		 482 aa  44.7  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00933286  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  29.05 
 
 		 356 aa  44.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  24.54 
 
 		 384 aa  44.7  0.003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 		 428 aa  44.7  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  32.46 
 
 		 399 aa  44.3  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  31.58 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  21.79 
 
 		 404 aa  43.9  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 		 390 aa  43.9  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0103  radical SAM domain-containing protein  35.48 
 
 		 482 aa  44.3  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.83 
 
 		 375 aa  43.9  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0102  radical SAM domain-containing protein  35.48 
 
 		 482 aa  43.9  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1069  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 		 321 aa  43.9  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.872388  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 		 380 aa  43.5  0.006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 		 468 aa  43.5  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.51 
 
 		 372 aa  43.5  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>