64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3375 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3375  radical SAM family protein  100 
 
 		 640 aa  1283    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.131592 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3357  radical SAM family protein  29.65 
 
 		 384 aa  135  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.158709  normal  0.0575022 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2394  radical SAM domain-containing protein  35.26 
 
 		 333 aa  87  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0390  Radical SAM domain protein  27.56 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000824452  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1175  radical SAM domain-containing protein  33.09 
 
 		 348 aa  79.7  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.913807  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0891  hypothetical protein  26.03 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2162  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 		 356 aa  67  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.211612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0419  radical SAM domain-containing protein  29.58 
 
 		 337 aa  67  0.000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2181  hypothetical protein  33.6 
 
 		 355 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0928383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3720  radical SAM domain-containing protein  27.19 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0048621  normal  0.524582 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2384  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 		 364 aa  62.8  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0858  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  33.02 
 
 		 800 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1611  Radical SAM domain protein  33.7 
 
 		 307 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 		 406 aa  52.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  28.49 
 
 		 406 aa  52.4  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  45.45 
 
 		 338 aa  51.6  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  34.55 
 
 		 332 aa  51.6  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0924  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 		 340 aa  50.8  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0750  radical SAM domain-containing protein  46.3 
 
 		 319 aa  50.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1410  Radical SAM domain protein  31.16 
 
 		 370 aa  48.9  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  26.83 
 
 		 418 aa  48.9  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2549  radical SAM domain-containing protein  31.75 
 
 		 216 aa  48.9  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000470829  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  27.52 
 
 		 423 aa  48.5  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  27.52 
 
 		 423 aa  48.5  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  33.65 
 
 		 399 aa  48.1  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2543  radical SAM family protein  36.78 
 
 		 379 aa  47.4  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  28.75 
 
 		 345 aa  47.4  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 		 380 aa  47.4  0.0008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4990  radical SAM family protein  31.43 
 
 		 386 aa  47.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.396764  normal  0.819586 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  34.48 
 
 		 1002 aa  47  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1763  Radical SAM domain protein  36 
 
 		 319 aa  47  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0429  Radical SAM domain protein  32.58 
 
 		 324 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.33 
 
 		 394 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  24.79 
 
 		 420 aa  46.2  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4391  Radical SAM domain protein  36.08 
 
 		 327 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  32 
 
 		 399 aa  45.8  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 565 aa  45.4  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  34.67 
 
 		 399 aa  45.4  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  37.11 
 
 		 413 aa  45.8  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1506  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 		 333 aa  45.4  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  27.36 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  33.33 
 
 		 387 aa  45.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.39 
 
 		 397 aa  45.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 491 aa  45.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5373  Radical SAM domain protein  35.9 
 
 		 327 aa  45.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 323 aa  44.7  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1069  radical SAM domain-containing protein  36.05 
 
 		 321 aa  44.7  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.872388  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1844  Radical SAM domain protein  29.87 
 
 		 453 aa  44.7  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115714  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06941  Fe-S oxidoreductases  35.94 
 
 		 310 aa  44.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.426586  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0444  Radical SAM domain protein  35.37 
 
 		 401 aa  44.3  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.121875 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3061  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  34.38 
 
 		 326 aa  44.3  0.007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  36.56 
 
 		 401 aa  43.9  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  36.56 
 
 		 401 aa  43.9  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  36.56 
 
 		 401 aa  43.9  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0254  hypothetical protein  30.77 
 
 		 471 aa  44.3  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 		 323 aa  44.3  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  32.76 
 
 		 409 aa  43.9  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>