51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2181 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2181  hypothetical protein  100 
 
 		 355 aa  736    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0928383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2162  radical SAM domain-containing protein  31.1 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.211612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0858  Radical SAM domain protein  28.1 
 
 		 349 aa  133  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0419  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3357  radical SAM family protein  29.93 
 
 		 384 aa  82.8  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.158709  normal  0.0575022 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1175  radical SAM domain-containing protein  23.58 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.913807  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2384  Radical SAM domain protein  23.22 
 
 		 364 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3720  radical SAM domain-containing protein  34.25 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0048621  normal  0.524582 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0891  hypothetical protein  22.67 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3375  radical SAM family protein  33.6 
 
 		 640 aa  66.6  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.131592 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0390  Radical SAM domain protein  24.73 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000824452  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1611  Radical SAM domain protein  36.78 
 
 		 307 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 		 391 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2394  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 333 aa  54.7  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0924  Radical SAM domain protein  29.75 
 
 		 340 aa  52.8  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  33.05 
 
 		 359 aa  52.4  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  22.22 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  32.08 
 
 		 330 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  33.96 
 
 		 330 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  32.73 
 
 		 377 aa  50.1  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 		 375 aa  50.1  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  22.65 
 
 		 341 aa  49.7  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0194  radical SAM domain-containing protein  37.5 
 
 		 579 aa  49.7  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.369341  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1154  radical SAM domain-containing protein  31.03 
 
 		 377 aa  48.1  0.0002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.812273  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  27.22 
 
 		 479 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  33.02 
 
 		 390 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0393  metallo cofactor biosynthesis protein  27.39 
 
 		 393 aa  47.8  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1410  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 		 370 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.07 
 
 		 382 aa  47.4  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2498  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 402 aa  47  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.608052  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  29.31 
 
 		 378 aa  47.4  0.0004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  34.74 
 
 		 368 aa  47  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  32.71 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  28.3 
 
 		 333 aa  45.1  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  33.33 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0354  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 		 377 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.880417 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  31.13 
 
 		 334 aa  44.7  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1486  radical SAM family protein  31.07 
 
 		 292 aa  44.3  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  22.38 
 
 		 339 aa  44.3  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  32.31 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  28.95 
 
 		 367 aa  43.9  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  32.35 
 
 		 398 aa  43.9  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  33.03 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  32.41 
 
 		 359 aa  43.5  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  29.41 
 
 		 373 aa  43.1  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  32.73 
 
 		 335 aa  42.7  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  24.69 
 
 		 380 aa  43.1  0.008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  30.77 
 
 		 414 aa  42.7  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  29.33 
 
 		 346 aa  42.7  0.01  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 		 422 aa  42.7  0.01  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  35.96 
 
 		 428 aa  42.7  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>