More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1401 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1168  recombination factor protein RarA  74.81 
 
 		 407 aa  635    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0339  recombination factor protein RarA  80.54 
 
 		 408 aa  688    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.317143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1401  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 411 aa  832    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1998  recombination factor protein RarA  73.9 
 
 		 375 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.805499  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1564  recombination factor protein RarA  68.19 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.228018 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1853  recombination factor protein RarA  65.26 
 
 		 430 aa  541  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  43.76 
 
 		 432 aa  348  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  45.01 
 
 		 435 aa  346  3e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  46.42 
 
 		 440 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  44.36 
 
 		 447 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  44.15 
 
 		 441 aa  335  5.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  41.87 
 
 		 450 aa  333  2e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  43.87 
 
 		 435 aa  333  4e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  43.84 
 
 		 457 aa  332  8e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  43.19 
 
 		 463 aa  330  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  43.29 
 
 		 448 aa  330  3e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  41.83 
 
 		 443 aa  330  4e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  41.96 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  43.13 
 
 		 453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  41.92 
 
 		 447 aa  327  2.0000000000000001e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  42.89 
 
 		 419 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  42.99 
 
 		 434 aa  325  8.000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  42.76 
 
 		 434 aa  325  1e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  42.59 
 
 		 457 aa  323  3e-87  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  41.79 
 
 		 731 aa  322  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  42.42 
 
 		 457 aa  321  9.999999999999999e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  41.13 
 
 		 441 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  44.07 
 
 		 423 aa  320  3.9999999999999996e-86  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0257  recombination factor protein RarA  44.44 
 
 		 439 aa  318  1e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097809  normal  0.0366003 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  43.56 
 
 		 423 aa  318  2e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  40.38 
 
 		 432 aa  317  3e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  45.39 
 
 		 437 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  45.39 
 
 		 437 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  42.37 
 
 		 420 aa  315  7e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  48.14 
 
 		 429 aa  315  8e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  40.47 
 
 		 439 aa  315  9e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  45.39 
 
 		 437 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  43.26 
 
 		 449 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0103  recombination factor protein RarA  44.21 
 
 		 429 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  43.27 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  43.19 
 
 		 485 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0094  recombination factor protein RarA  44.68 
 
 		 429 aa  312  5.999999999999999e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  42.19 
 
 		 447 aa  312  6.999999999999999e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  42.12 
 
 		 446 aa  312  6.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  41 
 
 		 432 aa  311  9e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  42.37 
 
 		 437 aa  311  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0774  recombination factor protein RarA  45.93 
 
 		 444 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0591315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  44.66 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  46.6 
 
 		 451 aa  309  5e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  42.41 
 
 		 426 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  45.98 
 
 		 432 aa  309  8e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  43.69 
 
 		 451 aa  308  1.0000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0979  AAA ATPase central domain protein  47.12 
 
 		 425 aa  308  2.0000000000000002e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  41.07 
 
 		 441 aa  306  4.0000000000000004e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  43.26 
 
 		 440 aa  306  4.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  43.26 
 
 		 440 aa  306  5.0000000000000004e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0832  recombination factor protein RarA  42.09 
 
 		 454 aa  306  6e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01421  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  40.49 
 
 		 734 aa  305  9.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.869861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1441  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  40.24 
 
 		 734 aa  305  1.0000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.641024  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  41.34 
 
 		 453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  42.28 
 
 		 445 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0792  AAA ATPase central domain protein  40.8 
 
 		 431 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  41.82 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0463  recombination factor protein RarA  39.02 
 
 		 440 aa  304  2.0000000000000002e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000023762  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5733  AAA ATPase central domain protein  42.41 
 
 		 423 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855875  normal  0.0926038 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  39.53 
 
 		 447 aa  303  4.0000000000000003e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  40.44 
 
 		 438 aa  302  6.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  43.81 
 
 		 442 aa  302  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0016  recombination factor protein RarA  39.14 
 
 		 441 aa  301  1e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.901386  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  43.66 
 
 		 441 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  41.08 
 
 		 438 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0732  recombination factor protein RarA  41.47 
 
 		 457 aa  301  1e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1333  recombination factor protein RarA  42.09 
 
 		 500 aa  301  1e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.272452  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 455 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  42.82 
 
 		 443 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  42.44 
 
 		 440 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0849  recombination factor protein RarA  41.41 
 
 		 436 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.276408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  38.66 
 
 		 445 aa  300  2e-80  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2484  recombination factor protein RarA  41.23 
 
 		 435 aa  301  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  42.03 
 
 		 443 aa  300  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  42.69 
 
 		 436 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  41.18 
 
 		 438 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  41.94 
 
 		 436 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0837  recombination factor protein RarA  41.41 
 
 		 436 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  41.57 
 
 		 446 aa  300  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  39.86 
 
 		 739 aa  299  5e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  42.38 
 
 		 440 aa  299  6e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02651  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  41.46 
 
 		 735 aa  299  6e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  41.12 
 
 		 458 aa  299  7e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  40.75 
 
 		 439 aa  298  9e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  43.17 
 
 		 439 aa  298  9e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  42.62 
 
 		 505 aa  298  9e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  38.86 
 
 		 432 aa  298  1e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0502  recombination factor protein RarA  41.27 
 
 		 444 aa  298  1e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0383176  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  42.89 
 
 		 431 aa  297  2e-79  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>