More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1998 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_1998  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 375 aa  770    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.805499  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0339  recombination factor protein RarA  75.81 
 
 		 408 aa  607  1e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.317143 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1401  recombination factor protein RarA  73.58 
 
 		 411 aa  590  1e-167  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1168  recombination factor protein RarA  73.46 
 
 		 407 aa  586  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1564  recombination factor protein RarA  69.11 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.228018 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1853  recombination factor protein RarA  65.6 
 
 		 430 aa  525  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  45.88 
 
 		 432 aa  348  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  46.63 
 
 		 435 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  44.13 
 
 		 450 aa  335  5.999999999999999e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  46.17 
 
 		 448 aa  330  2e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  45.2 
 
 		 434 aa  328  1.0000000000000001e-88  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  43.14 
 
 		 457 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  42.24 
 
 		 447 aa  326  3e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  45.15 
 
 		 434 aa  325  6e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  42.65 
 
 		 457 aa  325  8.000000000000001e-88  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  45.24 
 
 		 434 aa  324  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  44.71 
 
 		 440 aa  322  5e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  42.65 
 
 		 457 aa  322  6e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  44.78 
 
 		 463 aa  322  6e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  44.18 
 
 		 435 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  42.75 
 
 		 443 aa  319  5e-86  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  44.39 
 
 		 453 aa  318  1e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  43.78 
 
 		 441 aa  317  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  45.22 
 
 		 437 aa  315  6e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  45.22 
 
 		 437 aa  315  6e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  43.51 
 
 		 447 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  45.45 
 
 		 445 aa  311  1e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  44.7 
 
 		 437 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  42.71 
 
 		 441 aa  311  2e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  43.34 
 
 		 447 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1333  recombination factor protein RarA  45.17 
 
 		 500 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.272452  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0788  recombination factor protein RarA  45.41 
 
 		 442 aa  310  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  43.08 
 
 		 731 aa  309  4e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  42.35 
 
 		 432 aa  308  9e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  42.46 
 
 		 441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  41.79 
 
 		 439 aa  307  2.0000000000000002e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  44 
 
 		 420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0463  recombination factor protein RarA  42.53 
 
 		 440 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000023762  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  43.4 
 
 		 447 aa  307  2.0000000000000002e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  46.07 
 
 		 429 aa  306  3e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  44.59 
 
 		 430 aa  306  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16380  Recombination protein MgsA  43.26 
 
 		 461 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.8867  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  43.22 
 
 		 439 aa  305  8.000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0094  recombination factor protein RarA  46.13 
 
 		 429 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0774  recombination factor protein RarA  45.48 
 
 		 444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0591315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  43.01 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  45.67 
 
 		 451 aa  303  3.0000000000000004e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1015  recombination factor protein RarA  44.82 
 
 		 436 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00103733  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  42.89 
 
 		 437 aa  302  5.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0792  AAA ATPase central domain protein  42.86 
 
 		 431 aa  302  6.000000000000001e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  42.52 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0016  recombination factor protein RarA  42.64 
 
 		 441 aa  300  2e-80  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.901386  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0257  recombination factor protein RarA  44.73 
 
 		 439 aa  300  3e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097809  normal  0.0366003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  44.5 
 
 		 439 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2635  recombination factor protein RarA  42.41 
 
 		 429 aa  300  3e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0410  recombination factor protein RarA  40.89 
 
 		 425 aa  300  4e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.108672  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  43.08 
 
 		 446 aa  299  5e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2031  AAA ATPase central domain protein  43.64 
 
 		 447 aa  299  7e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.039319  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0502  recombination factor protein RarA  41.94 
 
 		 444 aa  298  9e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0383176  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1169  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 437 aa  298  9e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0725259  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0979  AAA ATPase central domain protein  45.99 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0103  recombination factor protein RarA  44.8 
 
 		 429 aa  298  1e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1650  recombination factor protein RarA  42.24 
 
 		 440 aa  298  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3766  recombination factor protein RarA  42.08 
 
 		 446 aa  298  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.369587 
 
 
-
 
NC_004310  BR1206  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 437 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  41.98 
 
 		 485 aa  297  2e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  43.04 
 
 		 451 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  44.59 
 
 		 449 aa  297  2e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  42.71 
 
 		 459 aa  296  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2132  AAA ATPase central domain protein  44.01 
 
 		 463 aa  295  6e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000588224  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0732  recombination factor protein RarA  42.6 
 
 		 457 aa  295  7e-79  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2506  recombination factor protein RarA  43.7 
 
 		 437 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  43.48 
 
 		 437 aa  295  1e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  44.68 
 
 		 435 aa  293  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  43.88 
 
 		 432 aa  293  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  43.88 
 
 		 435 aa  294  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  43.31 
 
 		 443 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  43.87 
 
 		 423 aa  293  2e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  40.78 
 
 		 445 aa  293  3e-78  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  43.32 
 
 		 458 aa  293  4e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1573  recombination factor protein RarA  42.45 
 
 		 446 aa  293  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.319389  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  42.26 
 
 		 438 aa  292  6e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  43.23 
 
 		 426 aa  292  6e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2010  AAA ATPase central domain protein  42.97 
 
 		 484 aa  292  8e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.105628  normal  0.523628 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1704  ATPase central domain-containing protein  42.97 
 
 		 448 aa  291  1e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159074 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0621  recombination factor protein RarA  42.89 
 
 		 436 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1983  recombination factor protein RarA  42.56 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0288  recombination factor protein RarA  43.8 
 
 		 443 aa  291  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  42.41 
 
 		 431 aa  291  2e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1519  recombination factor protein RarA  44.13 
 
 		 447 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.615755  normal  0.232626 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1365  recombination factor protein RarA  42.42 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2325  recombination factor protein RarA  42.34 
 
 		 445 aa  290  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.90539  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2372  recombination factor protein RarA  42.34 
 
 		 445 aa  290  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05617  DNA replication ATPase (Eurofung)  43.32 
 
 		 528 aa  290  3e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143305  normal  0.0551147 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0389  recombination factor protein RarA  42.97 
 
 		 437 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  40.66 
 
 		 739 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1464  recombination factor protein RarA  42.42 
 
 		 438 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.519548  normal  0.727455 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2547  recombination factor protein RarA  45.1 
 
 		 452 aa  290  3e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.135432  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1440  recombination factor protein RarA  40.84 
 
 		 426 aa  290  3e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1761  recombination factor protein RarA  44.04 
 
 		 452 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>