More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1168 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1168  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 407 aa  828    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1401  recombination factor protein RarA  74.81 
 
 		 411 aa  635    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0339  recombination factor protein RarA  72.52 
 
 		 408 aa  623  1e-177  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.317143 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1998  recombination factor protein RarA  74.18 
 
 		 375 aa  578  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.805499  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1564  recombination factor protein RarA  68.17 
 
 		 404 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.228018 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1853  recombination factor protein RarA  65.57 
 
 		 430 aa  534  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  46.62 
 
 		 432 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  46.9 
 
 		 435 aa  364  2e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  43.26 
 
 		 450 aa  351  1e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  45.91 
 
 		 434 aa  342  7e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  45.67 
 
 		 434 aa  341  1e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  43.87 
 
 		 440 aa  340  2e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  44.66 
 
 		 435 aa  340  2e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  45 
 
 		 457 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  44.8 
 
 		 434 aa  338  8e-92  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  44.6 
 
 		 448 aa  338  8e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  44.29 
 
 		 441 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  44.76 
 
 		 457 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  44.52 
 
 		 457 aa  335  7e-91  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  45.24 
 
 		 447 aa  333  4e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  42.32 
 
 		 447 aa  332  6e-90  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  44.26 
 
 		 426 aa  332  9e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  41.55 
 
 		 443 aa  332  1e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  43.78 
 
 		 432 aa  331  2e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  42.79 
 
 		 731 aa  330  4e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  46.04 
 
 		 423 aa  328  8e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  43.41 
 
 		 419 aa  328  8e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  42.92 
 
 		 463 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0094  recombination factor protein RarA  45.37 
 
 		 429 aa  327  3e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  45.13 
 
 		 453 aa  327  3e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0979  AAA ATPase central domain protein  48.12 
 
 		 425 aa  326  4.0000000000000003e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  42.62 
 
 		 439 aa  325  9e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  45.93 
 
 		 432 aa  323  3e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  45.63 
 
 		 437 aa  323  5e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  45.39 
 
 		 437 aa  322  6e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  45.39 
 
 		 437 aa  322  6e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  43.54 
 
 		 423 aa  322  8e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0103  recombination factor protein RarA  44.42 
 
 		 429 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  43.2 
 
 		 420 aa  321  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  43.03 
 
 		 447 aa  319  5e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1333  recombination factor protein RarA  44.5 
 
 		 500 aa  319  6e-86  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.272452  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  43.77 
 
 		 440 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  43.74 
 
 		 446 aa  315  6e-85  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0257  recombination factor protein RarA  44 
 
 		 439 aa  315  7e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097809  normal  0.0366003 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  46.12 
 
 		 451 aa  315  9.999999999999999e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  46.53 
 
 		 429 aa  314  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05640  putative ATPase, AAA family protein  41.29 
 
 		 425 aa  314  9.999999999999999e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0774  recombination factor protein RarA  45.93 
 
 		 444 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0591315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  40.14 
 
 		 445 aa  313  1.9999999999999998e-84  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  42.89 
 
 		 451 aa  314  1.9999999999999998e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  42.79 
 
 		 447 aa  313  2.9999999999999996e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  42.54 
 
 		 437 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  42.18 
 
 		 461 aa  312  5.999999999999999e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  43.9 
 
 		 485 aa  311  2e-83  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3766  recombination factor protein RarA  41.47 
 
 		 446 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.369587 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  41.18 
 
 		 432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5733  AAA ATPase central domain protein  42.86 
 
 		 423 aa  309  6.999999999999999e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855875  normal  0.0926038 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  44.29 
 
 		 445 aa  308  9e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2635  recombination factor protein RarA  42.34 
 
 		 429 aa  308  9e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0826  recombination factor protein RarA  41.5 
 
 		 462 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  41.53 
 
 		 739 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  42.12 
 
 		 441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  40 
 
 		 441 aa  307  2.0000000000000002e-82  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  41.88 
 
 		 441 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2364  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.602751  normal  0.774501 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  39.44 
 
 		 443 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2325  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.90539  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2372  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2132  AAA ATPase central domain protein  42.69 
 
 		 463 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000588224  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0792  AAA ATPase central domain protein  41.72 
 
 		 431 aa  306  6e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  43.91 
 
 		 449 aa  305  9.000000000000001e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  41.29 
 
 		 441 aa  305  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  42.96 
 
 		 430 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0016  recombination factor protein RarA  41.47 
 
 		 441 aa  303  2.0000000000000002e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.901386  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16380  Recombination protein MgsA  42.25 
 
 		 461 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.8867  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1440  recombination factor protein RarA  42.08 
 
 		 426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  41.65 
 
 		 441 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0041  recombination factor protein RarA  43.48 
 
 		 459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.481618  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2660  recombination factor protein RarA  43.16 
 
 		 439 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  43.57 
 
 		 505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  41.41 
 
 		 441 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  41.41 
 
 		 441 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  43.69 
 
 		 458 aa  302  9e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  40.27 
 
 		 453 aa  302  9e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  42.29 
 
 		 440 aa  301  1e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  42.29 
 
 		 440 aa  301  1e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3636  recombination factor protein RarA  42.55 
 
 		 443 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.522644  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3161  AAA ATPase central domain protein  43.23 
 
 		 445 aa  301  1e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0832  recombination factor protein RarA  42.96 
 
 		 454 aa  301  1e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  42.79 
 
 		 442 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  42.79 
 
 		 442 aa  300  2e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0726  recombination factor protein RarA  42.86 
 
 		 439 aa  301  2e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.658884  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  41.47 
 
 		 440 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  39.67 
 
 		 443 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1668  AAA ATPase central domain protein  40.8 
 
 		 463 aa  300  3e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0287351  normal  0.641434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  40.94 
 
 		 441 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0336  hypothetical protein  42.86 
 
 		 431 aa  298  9e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.673936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  41.23 
 
 		 440 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  39.72 
 
 		 432 aa  298  1e-79  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0748  recombination factor protein RarA  41.94 
 
 		 437 aa  298  1e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.100977  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>