More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_24410 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 439 aa  912    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  65.53 
 
 		 445 aa  627  1e-178  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  62.84 
 
 		 443 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  57.47 
 
 		 447 aa  514  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  54.4 
 
 		 435 aa  476  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  54.48 
 
 		 441 aa  472  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  53.76 
 
 		 448 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  53.61 
 
 		 457 aa  466  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  53.12 
 
 		 457 aa  464  1e-129  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  53.63 
 
 		 440 aa  464  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  53.81 
 
 		 434 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  52.36 
 
 		 485 aa  459  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  53.54 
 
 		 435 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  54.39 
 
 		 434 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  52.96 
 
 		 432 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  52.16 
 
 		 457 aa  456  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  53.77 
 
 		 505 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  55.64 
 
 		 423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  54.78 
 
 		 459 aa  447  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 450 aa  438  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 444 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  48.62 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  48.62 
 
 		 447 aa  421  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  49.65 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  48.85 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  48.62 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  51.64 
 
 		 459 aa  424  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  50.69 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 447 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1076  recombination factor protein RarA  48.82 
 
 		 544 aa  420  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1615  recombination factor protein RarA  47.93 
 
 		 444 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2683  recombination factor protein RarA  47.93 
 
 		 444 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.826715  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2594  recombination factor protein RarA  47.93 
 
 		 447 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.558915  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  48.84 
 
 		 461 aa  418  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  52.21 
 
 		 435 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1989  recombination factor protein RarA  48.24 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  47.24 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  49.17 
 
 		 446 aa  417  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  48.71 
 
 		 447 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  47.07 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  48.14 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1721  recombination factor protein RarA  47.76 
 
 		 447 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  49.29 
 
 		 432 aa  412  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 447 aa  413  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 447 aa  413  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  48.49 
 
 		 440 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 441 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  45.89 
 
 		 443 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  48.48 
 
 		 441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  48.48 
 
 		 441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  48.48 
 
 		 440 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  47.32 
 
 		 731 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  48.23 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  44.59 
 
 		 447 aa  406  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1401  recombination factor protein RarA  49.53 
 
 		 451 aa  407  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0324547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 441 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  47.79 
 
 		 441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  48.01 
 
 		 440 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  48.67 
 
 		 451 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  47.55 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  48.12 
 
 		 440 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 441 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  47.54 
 
 		 440 aa  403  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  46.31 
 
 		 443 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  47.16 
 
 		 443 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1936  recombination factor protein RarA  49.17 
 
 		 453 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.980875  normal  0.481513 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0796  recombination factor protein RarA  47.42 
 
 		 455 aa  402  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  46.89 
 
 		 449 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 437 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  46.24 
 
 		 449 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01043  recombination factor protein RarA  46.84 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.289676  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 437 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 437 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  48.84 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06123  recombination factor protein RarA  46.84 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0463841  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  49.52 
 
 		 445 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  46.57 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  47.52 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  48.22 
 
 		 427 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  46.81 
 
 		 443 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  49.4 
 
 		 432 aa  399  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  47.71 
 
 		 442 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  46.57 
 
 		 445 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  47.36 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  47.52 
 
 		 443 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6365  recombination factor protein RarA  47.43 
 
 		 437 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1745  recombination factor protein RarA  46.65 
 
 		 443 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000175803  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  46.93 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  47.16 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  46.7 
 
 		 443 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0707  recombination factor protein RarA  47.42 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.56713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>