More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0617 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  74.53 
 
 		 432 aa  648    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 432 aa  887    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  58.82 
 
 		 450 aa  511  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  55.29 
 
 		 447 aa  491  9.999999999999999e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  54.95 
 
 		 441 aa  488  1e-136  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0502  recombination factor protein RarA  57.58 
 
 		 444 aa  480  1e-134  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0383176  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  54.91 
 
 		 435 aa  479  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  54.59 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  55.39 
 
 		 437 aa  474  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  55.4 
 
 		 441 aa  474  1e-132  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  53.52 
 
 		 731 aa  474  1e-132  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  52.91 
 
 		 440 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0016  recombination factor protein RarA  56.28 
 
 		 441 aa  465  9.999999999999999e-131  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.901386  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  55.76 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  52.72 
 
 		 432 aa  465  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  53.18 
 
 		 434 aa  463  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  53.76 
 
 		 485 aa  463  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  54.23 
 
 		 505 aa  462  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  53.73 
 
 		 457 aa  461  9.999999999999999e-129  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  53.25 
 
 		 457 aa  458  9.999999999999999e-129  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  52.82 
 
 		 435 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1103  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  53.08 
 
 		 726 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000432194  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  52.71 
 
 		 434 aa  456  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  51.54 
 
 		 739 aa  451  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  53.01 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2590  recombination factor protein RarA  55.12 
 
 		 422 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000937072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  52.1 
 
 		 448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2041  recombination factor protein RarA  53.16 
 
 		 435 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2031  AAA ATPase central domain protein  54.19 
 
 		 447 aa  449  1e-125  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.039319  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0027  AAA ATPase central domain protein  52.3 
 
 		 459 aa  449  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.797145 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  54.28 
 
 		 423 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0388  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  52.77 
 
 		 733 aa  441  1e-123  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.211044  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0537  AAA ATPase central domain protein  51.87 
 
 		 432 aa  442  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  51.17 
 
 		 438 aa  441  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  51.76 
 
 		 443 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0463  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 		 440 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000023762  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2304  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  52.68 
 
 		 721 aa  434  1e-120  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.320416 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  49.29 
 
 		 439 aa  431  1e-119  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1076  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 544 aa  429  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  52.38 
 
 		 459 aa  428  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0792  AAA ATPase central domain protein  50.12 
 
 		 431 aa  423  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02651  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  49.39 
 
 		 735 aa  422  1e-117  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  48.23 
 
 		 451 aa  421  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1441  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  47.78 
 
 		 734 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.641024  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3766  recombination factor protein RarA  49.17 
 
 		 446 aa  415  9.999999999999999e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.369587 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00871  recombination factor protein RarA  47.79 
 
 		 455 aa  416  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0752794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0141  ATPase central domain-containing protein  50.93 
 
 		 416 aa  413  1e-114  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  48.01 
 
 		 447 aa  413  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01421  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  47.54 
 
 		 734 aa  414  1e-114  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.869861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 445 aa  412  1e-114  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0488  recombination factor protein RarA  50.98 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000395701  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  49.18 
 
 		 447 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2132  AAA ATPase central domain protein  48.36 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000588224  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  49.4 
 
 		 446 aa  403  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2364  recombination factor protein RarA  47.74 
 
 		 445 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.602751  normal  0.774501 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  48.13 
 
 		 453 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  48.69 
 
 		 459 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2325  recombination factor protein RarA  47.74 
 
 		 445 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.90539  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2372  recombination factor protein RarA  47.74 
 
 		 445 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  50.48 
 
 		 429 aa  395  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0041  recombination factor protein RarA  50.12 
 
 		 459 aa  395  1e-109  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.481618  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16380  Recombination protein MgsA  47.9 
 
 		 461 aa  392  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.8867  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  46.57 
 
 		 447 aa  394  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1199  AAA ATPase central domain protein  50.71 
 
 		 428 aa  392  1e-108  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003877  ATPase AAA family  47.26 
 
 		 449 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000221838  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3217  recombination factor protein RarA  45.66 
 
 		 519 aa  392  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0809903  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  47.49 
 
 		 451 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  47.02 
 
 		 445 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  48.11 
 
 		 420 aa  393  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  47.2 
 
 		 446 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  46.35 
 
 		 461 aa  394  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2635  recombination factor protein RarA  46.56 
 
 		 429 aa  393  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  46.17 
 
 		 445 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  48.94 
 
 		 419 aa  389  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  47.13 
 
 		 449 aa  388  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  45.48 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  45.95 
 
 		 443 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  45.95 
 
 		 443 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1846  recombination factor protein RarA  47.51 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5733  AAA ATPase central domain protein  48.83 
 
 		 423 aa  386  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855875  normal  0.0926038 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0452  AAA ATPase central domain protein  49.04 
 
 		 443 aa  385  1e-106  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  45 
 
 		 443 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  46.57 
 
 		 447 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2081  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 441 aa  387  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  46.24 
 
 		 447 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00891  recombination factor protein RarA  44.44 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1393  recombination factor protein RarA  47.29 
 
 		 427 aa  385  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  46.24 
 
 		 447 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07770  Recombination protein MgsA  49.17 
 
 		 446 aa  385  1e-106  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.138045 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2010  AAA ATPase central domain protein  48.95 
 
 		 484 aa  386  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.105628  normal  0.523628 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  45.95 
 
 		 443 aa  388  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4246  recombination factor protein RarA  47.56 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0255424  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  45.45 
 
 		 443 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  44.76 
 
 		 443 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05640  putative ATPase, AAA family protein  48.24 
 
 		 425 aa  382  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  49.07 
 
 		 445 aa  384  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  46.01 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  44.76 
 
 		 443 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  45.56 
 
 		 444 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  44.76 
 
 		 443 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>