More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1091 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  91.25 
 
 		 457 aa  862    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  97.81 
 
 		 457 aa  918    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  100 
 
 		 457 aa  940    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3807  recombination factor protein RarA  59.64 
 
 		 505 aa  521  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.921575 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  58.76 
 
 		 485 aa  513  1e-144  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  61.63 
 
 		 423 aa  488  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  55.34 
 
 		 443 aa  484  1e-135  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1076  recombination factor protein RarA  52.85 
 
 		 544 aa  479  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3121  recombination factor protein RarA  55.96 
 
 		 459 aa  469  1.0000000000000001e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0192623  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  53.92 
 
 		 441 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  53.5 
 
 		 435 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  50.34 
 
 		 447 aa  462  1e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  53.58 
 
 		 440 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  52.66 
 
 		 447 aa  460  9.999999999999999e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0855  recombination factor protein RarA  52.58 
 
 		 451 aa  459  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  52 
 
 		 432 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  51.84 
 
 		 450 aa  457  1e-127  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  52.16 
 
 		 439 aa  456  1e-127  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0323  AAA ATPase central domain protein  53.32 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  52.55 
 
 		 434 aa  451  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  52.07 
 
 		 434 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  51.29 
 
 		 445 aa  445  1.0000000000000001e-124  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  52.05 
 
 		 459 aa  442  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  52.71 
 
 		 447 aa  444  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  52.62 
 
 		 448 aa  442  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  53.25 
 
 		 432 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  51.29 
 
 		 435 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1656  recombination factor protein RarA  49.2 
 
 		 441 aa  437  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000573735  hitchhiker  0.00861976 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  50.46 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2436  recombination factor protein RarA  48.95 
 
 		 447 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203785  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1843  recombination factor protein RarA  49.28 
 
 		 448 aa  425  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0939319  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0112  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  49.42 
 
 		 739 aa  427  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  46.77 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00896  recombination protein  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2751  AAA ATPase central domain protein  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000101047  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2228  recombination factor protein RarA  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.331515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0997  recombination factor protein RarA  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155118  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1054  recombination factor protein RarA  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0434989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0502  recombination factor protein RarA  50.8 
 
 		 444 aa  424  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0383176  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  48.73 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00903  hypothetical protein  48.95 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2704  recombination factor protein RarA  48.72 
 
 		 447 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20405  normal  0.882945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  49.88 
 
 		 444 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 441 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  49.28 
 
 		 443 aa  425  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0813  recombination factor protein RarA  48.33 
 
 		 446 aa  423  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0334314  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  50.24 
 
 		 443 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1416  recombination factor protein RarA  48.72 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 		 441 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2743  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  49.88 
 
 		 731 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1027  recombination factor protein RarA  48.26 
 
 		 447 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2590  recombination factor protein RarA  50.48 
 
 		 422 aa  419  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000937072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  49.04 
 
 		 443 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1061  recombination factor protein RarA  48.26 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0996  recombination factor protein RarA  48.26 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1076  recombination factor protein RarA  48.26 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1831  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 		 441 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.272086  hitchhiker  0.00967825 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2258  recombination factor protein RarA  48.03 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.658353  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  49.08 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 441 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  49.76 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  49.04 
 
 		 443 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0967  recombination factor protein RarA  48.26 
 
 		 447 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0751258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 441 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1429  recombination factor protein RarA  48.16 
 
 		 438 aa  419  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.530617  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 444 aa  418  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0967  recombination factor protein RarA  48.48 
 
 		 447 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.17279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  48.8 
 
 		 445 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  49.43 
 
 		 440 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2321  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000013456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2213  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000293647  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  49.77 
 
 		 447 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2386  recombination factor protein RarA  49.31 
 
 		 440 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.010148 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  49.04 
 
 		 443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1710  recombination factor protein RarA  51.2 
 
 		 461 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0515171  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  48.8 
 
 		 443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2041  recombination factor protein RarA  48.94 
 
 		 435 aa  412  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  50.82 
 
 		 442 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2158  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00790556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2009  recombination factor protein RarA  49.16 
 
 		 443 aa  415  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107159  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01799  recombination factor protein RarA  49.04 
 
 		 451 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  50 
 
 		 432 aa  413  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 440 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2458  recombination factor protein RarA  47.98 
 
 		 445 aa  414  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00926335  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  50.82 
 
 		 442 aa  413  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0627  recombination factor protein RarA  49.04 
 
 		 449 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0620237  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  47.41 
 
 		 437 aa  414  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  49.89 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  48.16 
 
 		 440 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  49.32 
 
 		 455 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3584  recombination factor protein RarA  48.16 
 
 		 441 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1367  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1103  recombination factor protein RarA/unknown domain fusion protein  49.08 
 
 		 726 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000432194  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  50.47 
 
 		 430 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1685  recombination factor protein RarA  47.1 
 
 		 447 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  48.8 
 
 		 443 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0463  recombination factor protein RarA  48.16 
 
 		 440 aa  411  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000023762  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  48.93 
 
 		 442 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  49.54 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>